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J-GLOBAL ID：201902220933488184   整理番号：19A1589558

化学物質とナノ材料の規制リスク評価のための有害転帰経路をサポートするためのデータ源としてのWikiPathwayの導入【JST・京大機械翻訳】

Introducing WikiPathways as a Data-Source to Support Adverse Outcome Pathways for Regulatory Risk Assessment of Chemicals and Nanomaterials

著者 (13件)： Martens Marvin (Department of Bioinformatics - BiGCaT, NUTRIM, Maastricht University, Maastricht, Netherlands) ,  Verbruggen Tim (Department of Bioinformatics - BiGCaT, NUTRIM, Maastricht University, Maastricht, Netherlands) ,  Nymark Penny (Institute of Environmental Medicine, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden) ,  Nymark Penny (Department of Toxicology, Misvik Biology, Turku, Finland) ,  Grafstrom Roland (Institute of Environmental Medicine, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden) ,  Grafstrom Roland (Department of Toxicology, Misvik Biology, Turku, Finland) ,  Burgoon Lyle D. (U.S. Army Engineer Research and Development Center, Vicksburg, MS, United States) ,  Aladjov Hristo (Organisation for Economic Co-operation and Development Environment Directorate, Paris, France) ,  Torres Andon Fernando (Laboratory of Cellular Immunology, Humanitas Clinical and Research Institute, Rozzano, Italy) ,  Torres Andon Fernando (Center for Research in Molecular Medicine and Chronic Diseases, University of Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, Spain) ,  Evelo Chris T. (Department of Bioinformatics - BiGCaT, NUTRIM, Maastricht University, Maastricht, Netherlands) ,  Evelo Chris T. (Maastricht Centre for Systems Biology, Maastricht University, Maastricht, Netherlands) ,  Willighagen Egon L. (Department of Bioinformatics - BiGCaT, NUTRIM, Maastricht University, Maastricht, Netherlands)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 9  ページ： 661  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： パラダイムムシフトは,動物モデルを置き換えるためのリスク評価において起こり,経済資源の数を減少させ,化学物質とナノ材料の成長数を試験するための方法論を精緻化する。したがって,トランスクリプトーム,プロテオミクスおよびメタボロミクスのようなアプローチは毒性研究において価値あるツールになり,それらの制御毒性への道を見出している。分子レベル測定とリスク評価の間のギャップを橋渡しするための一つの有望な枠組みは,有害な結果経路(AOPs)の概念である。これらの経路は機構的知識を含み,化学物質への曝露後の有害な影響の結果に対して分子レベルから生物学的事象を連結する。しかしながら,AOPsにおけるオミックベース手法の実装とリスク評価コミュニティによるそれらの受容は依然として課題である。AOPsのための主要なリポジトリにおける既存のモジュール,AOP知識ベース(AOP-KB)は,現在,オミクス技術の統合を可能にしないので,付加的ツールは,オミックベースのデータ解析と可視化のために必要とされる。ここでは,WikiPathwayが,AOP-KBの一部であるAOP-Wikiと相互運用可能なオミクスデータを作るための支援ツールとして役立つことを示した。重要事象(KEs)の手動マッチングは,67%が分子経路と結合できることを示した。データベース間の識別子の連鎖による自動接続により,AOP-Wiki化学物質の30%のみがWikiPathwayで見出されたことを示した。KEにおける遺伝子名とKey Event関係記述によるよりゆるい連鎖は,それぞれ70と71%の重なりを与えた。これは,多くの直接接続を作り出すための多くの機会を示し,例えば,拡張オントロジーアノテーションにより,その相互運用性を改善する。この相互運用性により,AOPsとの分子経路に関連したオミクスデータの必要な統合が可能になった。AOP-WikiのKEsの基礎となる分子経路を協調させ,普及させるために,AOP開発者のコミュニティを可能にするために,WikiPathwayに関する新しいAOP Portalを提示した。WikiPathwayとAOP-Wikiの統合は,オミクスデータがKEsに直接リンクされるのでリスク評価を改善し,従って,AOPsの包括的な理解と記述を可能にすると結論した。この評価を再現可能で有効にするために,WikiPathwayとAOP-Wikiの両方で大きな変化が必要である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 知識ベース ,  プロテオミクス ,  可視化 ,  データ解析 ,  コミュニティ ,  データベース ,  *ナノ材料 ,  *化学物質 ,  *リスク評価 ,  トランスクリプトーム ,  リポジトリ ,  遺伝子
準シソーラス用語： *Wiki ,  オミックス ,  メタボロミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 有害転帰経路 ,  リスク評価 ,  オミックス ,  Wiki経路 ,  相互運用

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (49件)：

• Adriaens M. E., Willighagen E. L., Ahles P., Pico A. R., Jagers F., Slenter D. N., et al (2018). Fatty Acid Beta Oxidation (Homo sapiens). Available at: wikipathways.org/instance/WP143_r98914
• Ankley G. T., Bennett R. S., Erickson R. J., Hoff D. J., Hornung M. W., Johnson R. D., et al (2010). Adverse outcome pathways: a conceptual framework to support ecotoxicology research and risk assessment. Environ. Toxicol. Chem. 29 730-741. doi: 10.1002/etc.34
• Azad A. K. M., Lawen A., Keith J. M. (2017). Bayesian model of signal rewiring reveals mechanisms of gene dysregulation in acquired drug resistance in breast cancer. PLoS One 12:e0173331. doi: 10.1371/journal.pone.0173331
• Bard J. B. L., Rhee S. Y. (2004). Ontologies in biology: design, applications and future challenges. Nat. Rev. Genet. 5 213-222. doi: 10.1038/nrg1295
• Bell S. M., Angrish M. M., Wood C. E., Edwards S. W. (2016). Integrating publicly available data to generate computationally predicted adverse outcome pathways for fatty liver. Toxicol. Sci. 150 510-520. doi: 10.1093/toxsci/kfw017

タイトルに関連する用語 (5件)： 化学物質 ,  ナノ材料 ,  規制 ,  リスク評価 ,  有害転帰経路