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J-GLOBAL ID：201902221295946226   整理番号：19A2166790

GalaxyTongdock: 改良されたエネルギーパラメータを持つ対称で非対称なab initio蛋白質-蛋白質ドッキングWebサーバ【JST・京大機械翻訳】

GalaxyTongDock: Symmetric and asymmetric ab initio protein-protein docking web server with improved energy parameters

著者 (4件)： Park Taeyong (Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul 08826, Republic of Korea) ,  Baek Minkyung (Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul 08826, Republic of Korea) ,  Lee Hasup (Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul 08826, Republic of Korea) ,  Seok Chaok (Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul 08826, Republic of Korea)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 40  号： 27  ページ： 2413-2417  発行年： 2019年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質-蛋白質ドッキング法は,実験による完全な構造情報の欠如における蛋白質-蛋白質相互作用への洞察を提供することにおいて,それらの役割に対して注目されている。GalaxyTongDockは,ZDOCKのような剛体ドッキングを実行するが,エネルギーパラメータを改善する,ab initio蛋白質-蛋白質ドッキングWebサーバである。エネルギーパラメータを反復ドッキングとパラメータ探索により訓練し,より多くの自然様構造をトップランクとして選択した。GalaxyTongDockは,2つの異なる蛋白質(GalaxyTongDock_A)の非対称ドッキングとC_nとD_n対称性(GalaxyTongDock_CとGalaxyTongDock_D)を有するホモオリゴマー蛋白質の対称ドッキングを実行する。非対称ドッキングのための非結合ドッキングベンチマークセットと対称ドッキングのためのモデルドッキングベンチマークセットに関する性能試験は,GalaxyTongDockが他の最先端の方法により良いか同等であることを示した。結合界面に関する実験的および/または進化的情報は,ブロックおよび界面オプションを用いることによって容易に組み込むことができる。GalaxyTongDockWebサーバはhttp://galaxy.seoklab.org/tongdockで自由に利用できる。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *非対称性 ,  *タンパク質 ,  *ドッキング ,  剛体 ,  モデル ,  性能試験 ,  界面 ,  ベンチマーク ,  *対称性
準シソーラス用語： 構造予測 ,  構造モデル ,  蛋白質間相互作用 ,  *Webサーバ ,  *蛋白質ドッキング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 蛋白質-蛋白質ドッキング ,  Galaxytongdock ,  複雑な構造モデリング ,  複雑な構造予測 ,  Webサーバ

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： エネルギー ,  パラメータ ,  対称 ,  非対称 ,  蛋白質 ,  蛋白質ドッキング ,  Webサーバ