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J-GLOBAL ID：201902221378136239   整理番号：19A0494625

中国における固有の針葉樹,Pinus bungeanaにおける雄と雌のコネレットの比較トランスクリプトーム解析とマイクロサテライトマーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Comparative Transcriptome Analysis of Male and Female Conelets and Development of Microsatellite Markers in Pinus bungeana, an Endemic Conifer in China

著者 (4件)： Duan Dong (Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Sciences, Northwest University, Xi’an 710069, China) ,  Jia Yun (Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Sciences, Northwest University, Xi’an 710069, China) ,  Yang Jie (Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Sciences, Northwest University, Xi’an 710069, China) ,  Li Zhong-Hu (Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Sciences, Northwest University, Xi’an 710069, China)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 8  号： 12  ページ： 393  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 裸子植物における性決定は,ゲノム/トランスクリプトーム資源の欠如と有用な分子遺伝的マーカーのためにまだ十分に特性化されていない。針葉樹における生殖構造の性的認識の決定の分子機構の理解を深めるために,中国固有針葉樹種,Pinus bungeana Zucc. ex Endlにおいて雄と雌のconのトランスクリプトームを特性化した。2種類の性的coneleから39.62のGbハイスループット配列決定を得た。得られた読み取りのde novo集合の後,85,305の単一遺伝子を同定し,53,944(63.23%)が公開データベースで注釈付けられた。P.bungeanaにおける2つのタイプの雌雄の間で合計12073の差次的に発現された遺伝子が検出され,それらの5766(47.76%)は雌において上方制御された。GenesとGenomes(KEGG)の豊富な分析の京都エンシクロペジアは,いくつかの遺伝子が,トリプトファン代謝,zeチン生合成,およびシステインとメチオニン代謝,およびフェニルプロパノイド生合成経路に含まれるようなP.bungeanaの性決定過程と有意に関連していることを示唆した。一方,いくつかの重要な植物ホルモン経路(例えば,ジベレリン(GA)経路,カロチノイド生合成,および性決定に影響を及ぼすブラシノステロイド生合成(BR)経路)も,P.bungeanaにおいて誘導された。加えて,7859の単一遺伝子からの8791の発現配列タグ単純配列反復(EST-SSR)を,P.bungeanaにおいて検出した。最も豊富な反復型はジヌクレオチド(1926)であり,続いてトリヌクレオチド(1711)であった。配列反復の主要なクラスは,モノヌクレオチドにおけるA/T(4942)とジヌクレオチドにおけるAT/AT(1283)であった。これらのEST-SSRの間で,84対のプライマーを潜在的分子遺伝マーカーの特性化のためにランダムに選択した。最後に,19の多形EST-SSRプライマーを特性化した。P.bungeanaの自然個体群を通して,遺伝的多様性の低から中程度のレベル(NA=1.754;HO=0.206;HE=0.205)を見出した。クラスタ分析は,この固有種においてサンプリングされた6つの個体群に対する2つの異なる遺伝的グループを明らかにした。それは異なる個体群間の生息場所の断片化と長期地理的隔離によって引き起こされる可能性がある。まとめると,本研究はP.bungeanaの生殖器官における性的同一性の分子機構への重要な洞察を提供する。本研究で同定された分子遺伝資源は,Pinus種における機能的ゲノミクスと集団遺伝学におけるさらなる研究を容易にするであろう。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生殖 ,  クラスタ分析 ,  キャラクタリゼーション ,  *トランスクリプトーム ,  *針葉樹 ,  ゲノム ,  個体群 ,  植物ホルモン ,  生合成 ,  分子遺伝現象 ,  データベース ,  アップレギュレーション ,  ジヌクレオチド ,  脂肪族アミン ,  スルフィド ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Pinus bungeana ,  性認識 ,  人口構造 ,  SSRマーカー ,  トランスクリプトーム

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

物質索引 (1件)： メチオニン

引用文献 (92件)：

• Walbot, V.; Evans, M.M.S. Unique features of the plant life cycle and their consequences. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 369-379.
• Wellmer, F.; Graciet, E.; Riechmann, J.L. Specification of floral organs in Arabidopsis. J. Exp. Bot. 2014, 65, 1-9.
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• Rocheta, M.; Sobral, R.; Magalhães, J.; Amorim, M.I.; Ribeiro, T.; Pinheiro, M.; Egas, C.; Morais-Cecílio, L.; Costa, M.M.R. Comparative transcriptomic analysis of male and female flowers of monoecious Quercus suber. Front. Plant Sci. 2014, 5, 599.

タイトルに関連する用語 (9件)： 中国 ,  固有 ,  針葉樹 ,  Pinus ,  雄 ,  雌 ,  トランスクリプトーム解析 ,  マイクロサテライトマーカー ,  開発