細菌と古細菌群集の記述に及ぼす土壌DNAの抽出と精製の影響とPCR増幅産物のプーリング【JST・京大機械翻訳】

Saenz J.S.; Roldan F.; Junca H.; Arbeli Z.

文献

J-GLOBAL ID：201902221578254429 整理番号：19A0972573

細菌と古細菌群集の記述に及ぼす土壌DNAの抽出と精製の影響とPCR増幅産物のプーリング【JST・京大機械翻訳】

Effect of the extraction and purification of soil DNA and pooling of PCR amplification products on the description of bacterial and archaeal communities

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巻： 126 号： 5 ページ： 1454-1467 発行年： 2019年
JST資料番号： A0635A ISSN： 1364-5072 CODEN： JAMIFK 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

目的:本研究は,細菌および古細菌の多様性の記述に対するDNA抽出法,DNA精製およびPCR増幅産物のプールの効果を評価した。方法と結果:土壌DNAは,パワー土壌DNA抽出キットとカスタマイズされたGriffithsプロトコルによって抽出された。両方法はビーズビーティングによる細胞破壊に基づいている。全体として,著者らは2つの方法の各々によって得られた各土壌から3つの土壌と6つの独立した抽出を使用した。次に,各々の処理の6つの抽出物のうちの3つは,セファロース2Bとポリビニルピロリドン(PVPP)で満たされたスピンカラムによってさらに精製された。16S rRNA遺伝子のV4超可変領域を,4つの独立反応において515F/806Rプライマー対を用いて各抽出物から増幅した。3つの増幅産物を結合し,プールした試料として配列決定し,一方,付加的増幅産物を個々に配列決定した。得られた72の増幅産物をIllina MiSeqプラットフォームにより配列決定した。DNA抽出法は,異なる土壌から微生物群集の差を圧倒する微生物群集の組成の推定に統計的に有意な影響を及ぼした。一方,PCR増幅産物の更なるDNA精製段階またはプール化は細菌および古細菌群集の記述に対して小さな影響を有していた。結論:DNA抽出は細菌および古細菌群集の記述に最も強い影響を及ぼした。PCR増幅を可能にする低濃度の不純物は,依然として小さな付加的バイアスを発生させることができるが,PCR確率的変動性は最低の影響を持っていた。重要性とIMPACT OHE STUDY:方法論的因子が微生物群集の記述に影響することは良く知られているが,各段階の相対的重要性はまだ不明である。本研究は,試験した因子のうち,DNA抽出法が細菌および古細菌群集の記述に最も強い影響を持つことを決定した。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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微生物検査法 , 遺伝子の構造と化学

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