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J-GLOBAL ID：201902221780895354   整理番号：19A1884325

c-Myc G-四重鎖DNAにおけるリガンド結合特異性の解明 絶対結合自由エネルギー計算とSPR実験【JST・京大機械翻訳】

Resolving the Ligand-Binding Specificity in c-MYC G-Quadruplex DNA: Absolute Binding Free Energy Calculations and SPR Experiment

著者 (5件)： Deng Nanjie (Department of Chemistry and Physical Sciences, Pace University, New York, United States) ,  Wickstrom Lauren (Department of Science, Borough of Manhattan Community College, the City University of New York, New York, United States) ,  Cieplak Piotr (Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute, California, United States) ,  Lin Clement (Department of Medicinal Chemistry and Molecular Pharmacology, College of Pharmacy, Purdue University, Indiana, United States) ,  Yang Danzhou (Department of Medicinal Chemistry and Molecular Pharmacology, College of Pharmacy, Purdue University, Indiana, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 46  ページ： 10484-10497  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： c-MYC G-四重鎖DNAとのリガンド結合に対する絶対結合自由エネルギー計算と表面プラズモン共鳴(SPR)実験を報告した。c-MYC遺伝子プロモーターのヌクレアーゼ過敏性要素III_1で形成された単分子平行DNA G-四重鎖はc-MYC転写を調節し,癌治療のための新たな薬物標的として認識されている。キンドリン誘導体はG-四重鎖を安定化し,癌細胞におけるc-MYC発現を阻害することが示されている。NMRは,G-四重鎖の5′および3′末端に位置する2つの結合部位を明らかにした。どの部位がより好ましく,リガンド誘導結合部位形成の基礎についての疑問は未解決のままである。ここでは,2つの絶対結合自由エネルギー法,二重デカップリングおよび平均力法の可能性を用いて,c-MYC G-四重鎖におけるリガンド結合特異性を解析した。計算された絶対結合自由エネルギーはSPRの結果と一般的に一致し,キンドリンは5′サイトに対してわずかな優先性を有することを示唆した。2つの部位周辺の隣接残基はリガンドが結合しないので有意な再編成を受け,リガンド誘導結合ポケット形成の証拠を提供した。結果は,実験データの解釈を助け,c-MYC G-四重鎖を標的とする小分子の合理的な設計を知らせる。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 小分子 ,  再編成 ,  デカップリング ,  *DNA【核酸】 ,  ヌクレアーゼ ,  結合部位 ,  プロモーター領域 ,  腫瘍細胞 ,  NMR【磁気共鳴】
準シソーラス用語： 単一分子 ,  *G-四重鎖 ,  *リガンド結合 ,  *結合自由エネルギー ,  *結合特異性 ,  *四本鎖DNA , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (9件)： c-Myc ,  G-四重鎖 ,  DNA ,  リガンド結合 ,  特異性 ,  結合自由エネルギー ,  計算 ,  SPR ,  実験