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J-GLOBAL ID：201902222000664498   整理番号：19A1902687

緩和モード解析を用いた蛋白質G-A設計変異体の折畳み経路【JST・京大機械翻訳】

Folding pathways of NuG2-a designed mutant of protein G-using relaxation mode analysis

著者 (2件)： Mitsutake Ayori (Department of Physics, School of Science and Technology, Meiji University, Kawasaki, Kanagawa 214-8571, Japan) ,  Takano Hiroshi (Department of Physics, Faculty of Science and Technology, Keio University, Yokohama, Kanagawa 223-8522, Japan)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 151  号： 4  ページ： 044117-044117-13  発行年： 2019年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 動的解析法は,折畳みシミュレーションのような長いシミュレーションを解析するために重要である。遅いモードと速度を近似的に抽出する緩和モード解析を,蛋白質系の分子動力学(MD)シミュレーションに適用した。以前に,遅いモードが大きな立体配座変化が起こるシミュレーションの解析に適していることを示した。ここでは,蛋白質G,NuG2の設計された変異体の折畳みシミュレーションに緩和モード解析を適用し,その折畳み経路を検討した。NuG2の折畳みシミュレーションは,Antonを有するこの変異体に対して以前に行われた。本研究では,緩和モード解析から得られた遅い緩和モードの軸上の座標を投影することにより自由エネルギー表面を計算した。天然,nativelike,中間およびランダム状態のような種々の特性状態を分類し,2つの主な折畳み経路を明らかにした。初期折畳み過程において,第一及び第二β鎖はN末端βシートを形成した。初期折畳み過程の後,第4のβ鎖は,本来の構造と同じまたは反対方向に最初のβ鎖に沿って形成した。2つの特徴的中間状態を同定した。最後に,中間構造は折畳み過程で天然構造に折畳まれた。緩和モード解析を複雑な蛋白質の折畳みシミュレーションに適用し,それらの折畳み過程を調べた。Copyright 2019 AIP Publishing LLC All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *モード解析 ,  動的解析 ,  配座転移 ,  分子動力学 ,  *緩和現象 ,  中間状態 ,  自由エネルギー ,  *折畳み ,  シミュレーション ,  *タンパク質 ,  β構造 ,  近似法 ,  アミノ末端

分類 (2件)： 高分子の立体構造  (CG02031G) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 緩和 ,  モード解析 ,  蛋白質 ,  設計 ,  変異体 ,  折畳み ,  経路