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J-GLOBAL ID：201902222156925297   整理番号：19A2865101

ザンビアにおける髄膜炎患者からの感染性細菌種の迅速シークエンシングに基づく診断【JST・京大機械翻訳】

Rapid sequencing-based diagnosis of infectious bacterial species from meningitis patients in Zambia

著者 (19件)： Nakagawa So (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Nakagawa So (Micro/Nano Technology Center, Tokai University, Hiratsuka, Japan) ,  Inoue Shigeaki (Department of Emergency and Critical Care Medicine, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Inoue Shigeaki (Department of Disaster and Emergency Medicine, Kobe University Graduate School of Medicine, Kobe, Japan) ,  Kryukov Kirill (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Yamagishi Junya (Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Yamagishi Junya (Global Station for Zoonosis Control, GI-CoRE, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Ohno Ayumu (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Hayashida Kyoko (Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Nakazwe Ruth (Department of Pathology and Microbiology, University Teaching Hospital, Lusaka, Zambia) ,  Kalumbi Mox (Department of Pathology and Microbiology, University Teaching Hospital, Lusaka, Zambia) ,  Kalumbi Mox (Institute of Basic and Biomedical Sciences, Levy Mwanawasa Medical University, Lusaka, Zambia) ,  Mwenya Darlington (Department of Pathology and Microbiology, University Teaching Hospital, Lusaka, Zambia) ,  Asami Nana (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan) ,  Sugimoto Chihiro (Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Sugimoto Chihiro (Global Station for Zoonosis Control, GI-CoRE, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Mutengo Mable M (Department of Pathology and Microbiology, University Teaching Hospital, Lusaka, Zambia) ,  Mutengo Mable M (Institute of Basic and Biomedical Sciences, Levy Mwanawasa Medical University, Lusaka, Zambia) ,  Imanishi Tadashi (Department of Molecular Life Science, Tokai University School of Medicine, Isehara, Japan)
資料名： Clinical & Translational Immunology  (Clinical & Translational Immunology)
巻： 8  号： 11  ページ： e01087  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3668A  ISSN： 2050-0068  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 目的:感染症の診断のための細菌組成の迅速測定のための携帯システムを開発した。著者らのシステムは,ナノ細孔技術ベースのsequサー,ミニオン,および2つのラップトップコンピュータから成る。著者らのシステムの精度と時間効率を調べるために,Zambiaにおける11人の髄膜炎患者の原因細菌の検出のための概念実証を提供した。方法:各患者の脳脊髄液サンプルからDNAを抽出し,16S rRNA遺伝子領域を増幅した。配列決定ライブラリーを調製し,配列決定された読み取りを最小2ソフトウェアと代表的な原核生物ゲノムを用いて細菌組成決定のために同時に処理した。【結果】6つの培養陽性サンプルのうちの4つの配列決定結果は,従来の培養ベースの方法のそれらと一致した。これらの試料のそれぞれにおける優勢な細菌種は,3分以内の配列データから同定された。主要細菌種は他の2つの培養陽性試料及び5つの培養陰性試料から検出されたが,それらの存在は確認できなかった。さらに,全体として,短い配列決定の範囲内で得られた配列決定の数は小さかったが,長期間の配列決定により時間とともに主要な細菌種に変化はなかった。さらに,処理時間は分析に用いた配列決定の数と強く相関した。結論:著者らの結果は,試料中の細菌種の複雑さに依存して,感染性細菌種の迅速診断に必要な配列決定の数を決定することによって,時間的に有効な分析が達成できることを示唆する。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： rRNA ,  遺伝子 ,  ゲノム ,  髄液 ,  *髄膜炎 ,  感染症 ,  加工時間 ,  原核生物 ,  ソフトウェア ,  *細菌 ,  DNA【核酸】 ,  ザンビア共和国 ,  ナノ細孔 ,  *配列解析 ,  体液 ,  時間 ,  加工条件 ,  条件 ,  *微生物
準シソーラス用語： 迅速診断 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 髄膜炎 ,  メタ16S rRNA配列決定 ,  ミクロビオーム ,  ナノ細孔配列決定 ,  迅速診断

分類 (2件)： ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y) ,  細胞生理一般  (EF02010S)

タイトルに関連する用語 (7件)： ザンビア ,  髄膜炎 ,  患者 ,  感染性 ,  細菌 ,  シークエンシング ,  診断