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J-GLOBAL ID：201902223396193061   整理番号：19A1884378

混み込まれた蛋白質溶液中の拡散におけるスローダウンは過渡的クラスタ形成と相関する【JST・京大機械翻訳】

Slow-Down in Diffusion in Crowded Protein Solutions Correlates with Transient Cluster Formation

著者 (10件)： Nawrocki Grzegorz (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, Michigan, United States) ,  Wang Po-hung (RIKEN Theoretical Molecular Science Laboratory, Saitama, Japan) ,  Yu Isseki (RIKEN Theoretical Molecular Science Laboratory, Saitama, Japan) ,  Yu Isseki (RIKEN iTHES, Saitama, Japan) ,  Sugita Yuji (RIKEN Theoretical Molecular Science Laboratory, Saitama, Japan) ,  Sugita Yuji (RIKEN iTHES, Saitama, Japan) ,  Sugita Yuji (RIKEN Quantitative Biology Center, Hyogo, Japan) ,  Sugita Yuji (RIKEN Advanced Institute for Computational Science, Hyogo, Japan) ,  Feig Michael (Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University, Michigan, United States) ,  Feig Michael (RIKEN Quantitative Biology Center, Hyogo, Japan)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 49  ページ： 11072-11084  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 長い間,蛋白質動力学に及ぼす密集した細胞環境の影響はほとんど無視されてきた。最近の実験は,蛋白質が希釈溶液中よりも生細胞中でよりゆっくり拡散することを示し,さらなる研究は拡散が局所環境に依存することを示唆している。ここでは,濃縮ビリンヘッドピース溶液の広範な全原子分子動力学シミュレーションに基づいて,蛋白質-蛋白質接触に依存する拡散についての詳細な洞察を提示した。実験データを再現するための増加した蛋白質-水相互作用の形での力場調整後に,並進および回転拡散を詳細に解析した。内部蛋白質動力学は大きく変化しなかったが,回転拡散は蛋白質濃度が増加すると並進拡散よりも有意に遅くなることが分かった。拡散の減少は蛋白質クラスタの過渡的形成の観点から解釈される。これらのクラスタはサブミクロ秒の時間スケールで持続し,蛋白質濃度の増加に伴ってより大きなクラスタサイズに向かって次第にシフトする分布を追跡した。クラスタの分布によるシミュレーションから抽出された異なるクラスタに対して推定された重みづけ拡散係数は全体的に観測された拡散速度を大きく再現し,過渡クラスタ形成が他の蛋白質とのクラウディングにおける拡散の遅い原因であることを示唆した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 力の場 ,  *クラスタ形成 ,  計算機シミュレーション ,  回転拡散 ,  こみあい効果 ,  相互作用 ,  拡散速度 ,  希釈 ,  *クラスタ ,  重みづけ ,  *タンパク質 ,  拡散係数
準シソーラス用語： 並進拡散 ,  全原子分子動力学シミュレーション ,  生細胞 ,  蛋白質動力学 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質溶液 ,  拡散 ,  クラスタ形成 ,  相関