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J-GLOBAL ID：201902223677828763   整理番号：19A1804756

RNAModMapper 液体クロマトグラフィータンデム質量分析データの分析のためのRNA修飾マッピングソフトウェア【JST・京大機械翻訳】

RNAModMapper: RNA Modification Mapping Software for Analysis of Liquid Chromatography Tandem Mass Spectrometry Data

著者 (4件)： Yu Ningxi (Rieveschl Laboratories for Mass Spectrometry, Department of Chemistry, University of Cincinnati, Ohio, United States) ,  Lobue Peter A. (Rieveschl Laboratories for Mass Spectrometry, Department of Chemistry, University of Cincinnati, Ohio, United States) ,  Cao Xiaoyu (Rieveschl Laboratories for Mass Spectrometry, Department of Chemistry, University of Cincinnati, Ohio, United States) ,  Limbach Patrick A. (Rieveschl Laboratories for Mass Spectrometry, Department of Chemistry, University of Cincinnati, Ohio, United States)
資料名： Analytical Chemistry  (Analytical Chemistry)
巻： 89  号： 20  ページ： 10744-10752  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0395A  ISSN： 0003-2700  CODEN： ANCHAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 液体クロマトグラフィータンデム質量分析(LC-MS/MS)は,修飾リボ核酸(RNA)の特性化のための強力な分析ツールであることが証明されている。質量分析によるRNA配列内の修飾ヌクレオシドの分析のための典型的なアプローチは,リボヌクレアーゼ消化とそれに続くLC-MS/MS分析とデータ解釈を含む。ここでは,LC-MS/MSデータの解釈を支援するために,新しいソフトウェアツール,RNAModMapper(RAMM)について述べた。RAMMは,修飾されたオリゴヌクレオチドの衝突誘起解離(CID)データを比較することができる局所的データベースを作成するために,ユーザに提出されたDNAまたはRNA配列を必要とする独立したパッケージである。RAMMは,2つのモードで修飾ヌクレオシドを含むMS/MSデータを解釈することができる。さらに,RAMMは入力配列に対して逆にRNA修飾マッピングのために解釈されたMS/MSデータを利用することもできる。RAMMの適用性を最初に,分離した全tRNAを用いて試験した。次に,それを16Sおよび23S rRNAで見出された地図修飾に適用した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *タンデム質量分析 ,  消化 ,  衝突誘起解離 ,  キャラクタリゼーション ,  *液体クロマトグラフィー ,  DNA【核酸】 ,  支援プログラム ,  RNアーゼ ,  *質量分析 ,  tRNA ,  オリゴヌクレオチド ,  データベース
準シソーラス用語： LC/MS/MS ,  修飾ヌクレオシド ,  *RNA修飾 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： ヌクレオシド,ヌクレオチド  (CF10060K) ,  各種分析法一般  (CC08010X) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 液体クロマトグラフィー ,  タンデム質量分析 ,  分析 ,  RNA修飾 ,  マッピング ,  ソフトウェア