文献

J-GLOBAL ID：201902223695980546   整理番号：19A2431801

日本の北海道における船泊遺跡からの後期縄文時代の男女ゲノム配列

Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan

著者 (11件)： KANZAWA-KIRIYAMA HIDEAKI (Department of Anthropology, National Museum of Nature and Science, Tsukuba) ,  JINAM TIMOTHY A. (Division of Population Genetics, National Institute of Genetics, Mishima) ,  KAWAI YOSUKE (Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo, Tokyo) ,  SATO TAKEHIRO (Department of Bioinformatics and Genomics, Graduate School of Medical Sciences, Kanazawa University, Kanazawa) ,  HOSOMICHI KAZUYOSHI (Department of Bioinformatics and Genomics, Graduate School of Medical Sciences, Kanazawa University, Kanazawa) ,  TAJIMA ATSUSHI (Department of Bioinformatics and Genomics, Graduate School of Medical Sciences, Kanazawa University, Kanazawa) ,  ADACHI NOBORU (Department of Legal Medicine, Interdisciplinary Graduate School of Medicine and Engineering, University of Yamanashi, Chuo) ,  MATSUMURA HIROFUMI (Second Division of Physical Therapy, School of Health Sciences, Sapporo Medical University, Sapporo) ,  KRYUKOV KIRILL (Department of Molecular Life Science, School of Medicine, Tokai University, Isehara) ,  SAITOU NARUYA (Division of Population Genetics, National Institute of Genetics, Mishima) ,  SHINODA KEN-ICHI (Department of Anthropology, National Museum of Nature and Science, Tsukuba)
資料名： Anthropological Science  (Anthropological Science)
巻： 127  号： 2  ページ： 83-108(J-STAGE)  発行年： 2019年 
JST資料番号： G0957A  ISSN： 0918-7960  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 日本北海道の船泊縄文人は3500~3800年前に狩猟生活していた。本研究では,船泊縄文女性(F23)と男性(F5)からそれぞれ高深度および低深度で核ゲノム配列を決定した。F23の核DNAの遺伝子型決定し,ヒト白血球抗原(HLA)クラスI遺伝子型と表現型形質を決定した。さらに,CPT1A遺伝子の病原性突然変異がF23とF5の両方で同定された。突然変異は高脂肪食の消費に対し代謝的利点があり,その対立遺伝子頻度は北極集団において70%以上であるが,他の場所では存在しない。この変異体は,陸上および海洋動物を狩猟し漁業をしていた,船泊縄文人のライフスタイルに関連している可能性がある。F23において高い近交度(HBD)を認めたが,10cMより長いHBDは非常に限られており,北部縄文集団の集団サイズは小さいことが示唆された。著者らの分析は,縄文人の人口サイズが,約50000年前に減少し始めたことを示唆した。F23,現代/古代ユーラシア人,およびネイティブアメリカンの系統発生関係は,東ユーラシアにおけるF23の深い拡散を示し,おそらく東ユーラシアからのネイティブアメリカンの祖先の分割の前に,北縄文人が長期間にわたって大陸東ユーラシアから遺伝的に分離されたことを示した。興味深いことに,著者らは,現代の日本人と同様に,ウルチ,韓国,原台湾,およびフィリピンの個体群が,中国の中国人よりもF23に遺伝的に近いことを見出した。さらに,F5のY染色体はハプログループD1b2bに属し,現代の日本人集団において稀である。これらの知見は,東ユーラシアにおける古代ヒト集団構造の歴史と再構築への洞察を提供し,F23ゲノムデータは将来の研究のための縄文参照ゲノムと考えられる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： ヒト ,  遺跡 ,  北海道 ,  時期 ,  *人間 ,  *ヌクレオチド配列 ,  男性 ,  女性 ,  ヒト白血球抗原 ,  遺伝子型 ,  遺伝学実験技術 ,  遺伝子 ,  同系交配 ,  人口 ,  Y染色体 ,  *ゲノム配列 ,  ハプログループ ,  遺伝子タイピング
準シソーラス用語： CPT1A遺伝子 ,  遺伝子型解析 ,  船泊遺跡 ,  縄文時代 ,  *縄文人

著者キーワード (5件)： Funadomari縄文 ,  縄文参照ゲノム ,  Y染色体ハプロタイプ ,  表現型 ,  人口サイズの変化

分類 (1件)： 人類学  (EA01070K)

引用文献 (139件)：

• Adachi N., Shinoda K., Umetsu K., and Matsumura H. (2009) Mitochondrial DNA analysis of Jomon skeletons from the Funadomari site, Hokkaido, and its implication for the origins of Native American. American Journal of Physical Anthropology, 138: 255-265.
• Adachi N., Shinoda K., Umetsu K., Kitano T., Matsumura H., et al. (2011) Mitochondrial DNA analysis of Hokkaido Jomon skeletons: remnants of archaic maternal lineages at the southwestern edge of former Beringia. American Journal of Physical Anthropology, 146: 346-360.
• Adachi N., Kakuda T., Takahashi R., Kanzawa-Kiriyama H., and Shinoda K. (2018) Ethnic derivation of the Ainu inferred from ancient mitochondrial DNA data. American Journal of Physical Anthropology, 165: 139-148.
• Altschul S.F., Madden T.L., Schäffer A.A., Zhang J., Zhang Z., et al. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Research, 25: 3389-3402.
• Andersen M.K., Jørsboe E., Sandholt C.H., Grarup N., Jørgensen M.E., et al. (2016) Identification of novel genetic determinants of erythrocyte membrane fatty acid composition among Greenlanders. PLoS Genetics, 12: e1006119.

タイトルに関連する用語 (5件)： 日本 ,  北海道 ,  遺跡 ,  縄文時代 ,  ゲノム配列