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J-GLOBAL ID：201902223807906921   整理番号：19A2337759

ヒト腸における染色体外移動性遺伝要素の長読みメタゲノミクス探査【JST・京大機械翻訳】

Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut

著者 (13件)： Suzuki Yoshihiko (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan) ,  Nishijima Suguru (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan) ,  Nishijima Suguru (AIST-Waseda University Computational Bio Big-Data Open Innovation Laboratory, Tokyo, Japan) ,  Nishijima Suguru (Graduate School of Advanced Science and Engineering, Waseda University, Tokyo, Japan) ,  Furuta Yoshikazu (Division of Infection and Immunity, Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Japan) ,  Yoshimura Jun (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan) ,  Suda Wataru (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan) ,  Suda Wataru (Laboratory for Microbiome Sciences, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Japan) ,  Oshima Kenshiro (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan) ,  Hattori Masahira (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan) ,  Hattori Masahira (Graduate School of Advanced Science and Engineering, Waseda University, Tokyo, Japan) ,  Hattori Masahira (Laboratory for Microbiome Sciences, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Yokohama, Japan) ,  Morishita Shinichi (Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Chiba, Japan)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 7  号： 1  ページ： 1-16  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒト腸におけるプラスミドやバクテリオファージのような染色体外移動性遺伝要素(eMGEs)の生態学的および生物学的同一性の解明は,それらの高い複雑性と多様性のために困難なままである。ここでは,PacBioの長い読出しメタゲノムデータから完全な円形または線形のコンティグとしてeMGEsの効率的な同定を示した。12の糞便試料からのPacBio long readsのde novo集合は82eMGEコンティグ(2.5666.7kb)を生成し,58の新規プラスミドと6つのバクテリオファージを含む71のプラスミドと11のバクテリオファージ,および末端直接反復を持つ5つの多様なcrAsphageの完全ゲノムを含んだ。5つの国からの413の腸メタゲノムのデータセットにおいて,同定されたプラスミドの多くは非常に豊富で一般的であった。著者らのプラスミドデータによる腸プラスミドの比率は,公共データベースにおけるそれの2倍以上である。プラスミドは,このメタゲノムのデータセットにおいて,細菌染色体を平均して3から1つの数を超えていた。宿主予測はBacteroidetes関連プラスミドが微生物豊度に関係なく優勢であることを示唆した。分析は,無機イオン輸送のようないくつかのプラスミド濃縮機能を見出したが,抗生物質耐性遺伝子は低豊度蛋白質関連プラスミドにおいて主に利用されていた。全体として,長く読まれたメタゲノムは,ヒト腸eMGEs,特にプラスミドの完全な構造を明らかにするための効率的なアプローチを提供した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ヒト ,  タンパク質 ,  *遺伝子 ,  生態学 ,  データベース ,  バクテリオファージ ,  プラスミド ,  *染色体 ,  予測 ,  ゲノム
準シソーラス用語： バクテロイデス門 ,  メタゲノム ,  コンティグ ,  複雑性 ,  *メタゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (79件)：

• Science; Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome; SR Gill, M Pop, RT Deboy, PB Eckburg, PJ Turnbaugh, BS Samuel, JI Gordon, DA Relman, CM Fraser-Liggett, KE Nelson; 312; 5778; 2006; 1355-1359; citation_id=CR1
• DNA Res; Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes; K Kurokawa, T Itoh, T Kuwahara, K Oshima, H Toh, A Toyoda, H Takami, H Morita, VK Sharma, TP Srivastava; 14; 4; 2007; 169-181; citation_id=CR2
• Nature; A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing; J Qin, R Li, J Raes, M Arumugam, KS Burgdorf, C Manichanh, T Nielsen, N Pons, F Levenez, T Yamada; 464; 7285; 2010; 59-65; citation_id=CR3
• Nature; Structure, function and diversity of the healthy human microbiome; ; 486; 7402; 2012; 207-214; citation_id=CR4
• Nucleic Acids Res; Genomics of bacteria and archaea: the emerging dynamic view of the prokaryotic world; EV Koonin, YI Wolf; 36; 21; 2008; 6688-6719; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (7件)： ヒト ,  腸 ,  染色体 ,  移動性 ,  遺伝要素 ,  メタゲノミクス ,  探査