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J-GLOBAL ID：201902224010710256   整理番号：19A1817414

ミスマッチ耐性逆転写ループ媒介等温増幅法とデングウイルスの全4血清型の同時検出への応用【JST・京大機械翻訳】

A Mismatch-Tolerant Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Method and Its Application on Simultaneous Detection of All Four Serotype of Dengue Viruses

著者 (12件)： Zhou Yi (School of Life Sciences, East China Normal University, Shanghai, China) ,  Zhou Yi (Pathogen Discovery and Big Data Center, Chinese Academy of Sciences (CAS) Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) ,  Wan Zhenzhou (Medical Laboratory of Taizhou Fourth People’s Hospital, Taizhou, China) ,  Yang Shuting (Faculty of Life Science and Technology, Kunming University of Science and Technology, Kunming, China) ,  Li Yingxue (Pathogen Discovery and Big Data Center, Chinese Academy of Sciences (CAS) Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) ,  Li Min (Viral Disease and Vaccine Translational Research Unit, CAS Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) ,  Wang Binghui (Faculty of Life Science and Technology, Kunming University of Science and Technology, Kunming, China) ,  Hu Yihong (Pathogen Discovery and Big Data Center, Chinese Academy of Sciences (CAS) Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) ,  Xia Xueshan (Faculty of Life Science and Technology, Kunming University of Science and Technology, Kunming, China) ,  Jin Xia (Viral Disease and Vaccine Translational Research Unit, CAS Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) ,  Yu Na (School of Life Sciences, East China Normal University, Shanghai, China) ,  Zhang Chiyu (Pathogen Discovery and Big Data Center, Chinese Academy of Sciences (CAS) Key Laboratory of Molecular Virology and Immunology, Institut Pasteur of Shanghai, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 1056  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ループ媒介等温増幅(LAMP)は感染症を引き起こす病原体の検出に広く用いられている。しかしながら,プライマー(特に3′末端)と鋳型間のミスマッチはLAMPの増幅効率を有意に低下させ,遺伝的に多様なウイルスへの応用を制限した。ここでは,デングウイルス(DENV)の検出における新しいミスマッチ耐性LAMPアッセイとその応用について報告した。新しい方法は,標準の25μl LAMP反応混合物に対して0.15Uの高忠実度DNAポリメラーゼの添加を特徴とする。この量はプライマーの3′末端でミスマッチ塩基を除去するのに十分であり,増幅時のLAMPプライマーの3′末端で起こる種々のミスマッチに対する優れた耐性をもたらした。この新しいLAMPアッセイは,特に内部プライマー(FIP/BIP)とループプライマー(FLP/BLP)とのミスマッチを形成する突然変異体に対して著しく改善された増幅効率を有する。新規方法の反応時間は,プライマーと鋳型間のミスマッチの有無にかかわらず,従来のLAMP法よりも約5.6~22.6分速かった。新しい方法を用いて,DENVに対する以前に確立された汎血清型アッセイを改良し,以前のものより4つのDENV血清型の検出に対するより高い感度を示した。新規アッセイの検出限界(LOD)は,DENV-1,DENV-2,DENV-3及びDENV-4に対する反応当たりそれぞれ74,252,78及び35ウイルスRNAコピーであった。DENV感染が疑われた患者からの153の臨床試料の中で,新規分析は,DENV陽性で94.8%のサンプルを検出し,市販NS1抗原分析(92.2%),実験室ベースRT-PCR法(78.4%),および従来のRT-LAMP分析(86.9%)によって検出されたものより高かった。さらに,新しいRT-LAMPアッセイを,比色染料を添加することにより,視覚定量法に開発した。その単純さのため,すべてのLAMPに基づく診断分析は,新しく改良されたバージョンに容易に更新される可能性がある。新規なミスマッチ耐性LAMP法は,非常に可変性のあるウイルスの分子診断のための簡単で,高感度で有望なアプローチであり,特に資源制限環境における応用に適している。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 感染症 ,  診断 ,  ヒト ,  *血清型 ,  検出限界 ,  高感度 ,  DNAポリメラーゼ ,  *不整合 ,  定量分析 ,  病原体 ,  抗原 ,  *拡大
準シソーラス用語： RT-LAMP法 ,  LAMP法 ,  LAMP ,  *デングウイルス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 不整合耐性ランプ ,  デングウイルス ,  ウイルス変異体 ,  高忠実度DNAポリメラーゼ ,  ミスマッチ ,  血清型

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (45件)：

• Anderson D. J. (1989). Determination of the lower limit of detection. Clin. Chem. 35 2152-2153.
• Bhatt S., Gething P. W., Brady O. J., Messina J. P., Farlow A. W., Moyes C. L., et al (2013). The global distribution and burden of dengue. Nature 496 504-507. doi: 10.1038/nature12060
• Bi W., Stambrook P. J. (1998). Detection of known mutation by proof-reading PCR. Nucleic Acids Res. 26 3073-3075. doi: 10.1093/nar/26.12.3073
• Bustin S. A. (2000). Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription polymerase chain reaction assays. J. Mol. Endocrinol. 25 169-193. doi: 10.1677/jme.0.0250169
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タイトルに関連する用語 (9件)： ミスマッチ ,  耐性 ,  逆転写 ,  ループ ,  増幅 ,  デングウイルス ,  血清型 ,  同時検出 ,  応用