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J-GLOBAL ID：201902224477968187   整理番号：19A0660245

Gaussバイアス加速分子動力学による陽溶媒中の効果的な立体配座サンプリング【JST・京大機械翻訳】

Effective Conformational Sampling in Explicit Solvent with Gaussian Biased Accelerated Molecular Dynamics

著者 (4件)： Shao Qiang (Drug Discovery and Design Center, CAS Key Laboratory of Receptor Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Shao Qiang (University of Chinese Academy of Sciences, China) ,  Zhu Weiliang (Drug Discovery and Design Center, CAS Key Laboratory of Receptor Research, Shanghai Institute of Materia Medica, Chinese Academy of Sciences, China) ,  Zhu Weiliang (University of Chinese Academy of Sciences, China)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 9  ページ： 4240-4252  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： この論文では,立体配座サンプリングを加速するバイアス力としてポテンシャルエネルギーのGaussの和を用いる,ユーザに優しいGaussバイアス加速分子動力学(GbAMD)法を示した。GbAMDの容易なパラメータ設定は,Trpcage,GB1p及びHP35ペプチドの折畳み,及びnCaM及びHIV-1 PR蛋白質の機能的立体配座変化を含む種々の複雑性を有する蛋白質の立体配座転移に対する種々のシミュレーション試験において示された。さらに,立体配座サンプリングおよび自由エネルギー評価におけるGbAMDの能力を,αヘリックスTrpcageおよびβヘアピンGB1pの折畳みに関するGbAMDシミュレーションと,付随する標準二重ブーストAMDおよび従来のMD(CMD)シミュレーションとの比較により定量的に評価した。GbAMDは両ペプチドを個々のトラジェクトリーにおいて反復的にそれらの天然構造に折畳むことができるが,AMDはTrpcageのみを折畳むことができ,CMDは両ケースにおいて折畳みを失敗させることができる。結果として,GbAMDのみが実験データと一致する蛋白質折畳みの平衡立体配座集合の性質を定量的に測定できた。また,GbAMDシミュレーションにより特性化されたTrpcageおよびGB1pの折畳み経路における不可欠な非折畳みおよび遷移状態の構造的性質は,2つのペプチドに関する以前のシミュレーションと非常に良く一致した。まとめると,GbAMDは生体分子系の構造動力学をシミュレートするための便利で効果的なアクセスを提供する効果的な立体配座サンプリング能力を有する。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *バイアス ,  ペプチド ,  トラジェクトリー ,  自由エネルギー ,  タンパク質 ,  配座転移 ,  遷移状態 ,  キャラクタリゼーション ,  折畳み ,  *立体配座 ,  *分子動力学 ,  シミュレーション ,  デコンボリューション
準シソーラス用語： αヘリックス ,  複雑性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： バイアス ,  加速 ,  分子動力学 ,  溶媒 ,  立体配座 ,  サンプリング