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J-GLOBAL ID：201902225282319488   整理番号：19A2039348

珪藻類を用いたポルトガル河川の生物学的評価におけるDNAメタバーコーディング法の適用性【JST・京大機械翻訳】

Applicability of DNA metabarcoding approach in the bioassessment of Portuguese rivers using diatoms

著者 (9件)： Mortagua Andreia (Department of Biology and GeoBioTec - GeoBioSciences, GeoTechnologies and GeoEngineering Research Centre, University of Aveiro, Portugal) ,  Vasselon Valentin (UMR CARRTEL, INRA, USMB, F-74200 Thonon, France) ,  Oliveira Ricardo (Department of Biology and GeoBioTec - GeoBioSciences, GeoTechnologies and GeoEngineering Research Centre, University of Aveiro, Portugal) ,  Elias Carmen (Department of Biology and GeoBioTec - GeoBioSciences, GeoTechnologies and GeoEngineering Research Centre, University of Aveiro, Portugal) ,  Chardon Cecile (UMR CARRTEL, INRA, USMB, F-74200 Thonon, France) ,  Bouchez Agnes (UMR CARRTEL, INRA, USMB, F-74200 Thonon, France) ,  Rimet Frederic (UMR CARRTEL, INRA, USMB, F-74200 Thonon, France) ,  Joao Feio Maria (MARE - Marine and Environmental Sciences Centre, Faculty of Sciences and Technology, Department of Life Sciences, University of Coimbra, Portugal) ,  F.P. Almeida Salome (Department of Biology and GeoBioTec - GeoBioSciences, GeoTechnologies and GeoEngineering Research Centre, University of Aveiro, Portugal)
資料名： Ecological Indicators  (Ecological Indicators)
巻： 106  ページ： Null  発行年： 2019年 
JST資料番号： A1221A  ISSN： 1470-160X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 底生珪藻群集は,ポルトガルに対して公式に採用されている自動的な指標,IPS(Indice de Chain oibilite Specifike)の計算を通してポルトガル川の生態学的評価に用いられている。この指標は,種レベルでの個体の形態学的同定のための高レベルの分類学的専門性を必要とする。ハイスループット配列決定技術と組み合わせたDNA代謝コード化のようなゲノミクスの進歩は,この古典的アプローチに対する有望な代替法を提供し,専門的要求を減少させ,従って時間とコストを低減する。本研究の目的は,形態学的および分子的アプローチで得られたIPSの分類を比較することにより,ポルトガルの河川の生物学的評価における珪藻のDNA代謝の可能性を試験することであった。合計88試料を,水枠組み指令(WFD)基準に従って,2017年春の4つの河川タイプと中央ポルトガルの品質勾配において収集した。形態学的アプローチは,光学顕微鏡下で少なくとも400枚の弁の分類学的同定を構成した。分子アプローチには,eDNA抽出とそれに続くPCR増幅と,珪藻特異的312bp rbcL DNAバーコードを用いたDNAハイスループット配列(Illina MiSeq)が含まれた。配列をMothurソフトウェアで分析し,R-Syst::珪藻参照ライブラリーを用いて分類学的に割り当てられた操作性分類単位(OTUs)を生産した。また,分子データの定量化のための生体体積に基づく補正係数(CF)の影響も試験した。同定された種の数を比較すると,形態学的,分子的,およびCFインベントリーが,それぞれ306,125および111種を明らかにした。分子データは未帰属OTUsの67%を示した。これらの結果は,主に参照ライブラリーの不完全性に起因しており,これは現在,代謝コード化におけるDNA配列の分類学的帰属における主要な困難性を表している。IPS値に関して,結果は,特にCFを適用するとき,形態学的方法と分子的方法の間の良好な相関を示した。さらに,種の豊度に基づく主座標分析プロットは,すべての3つの方法(形態学的,分子的およびCFのない)における品質勾配を明らかにした。これらの結果は,DNA代謝コード化がポルトガル河川の生態学的品質評価のための有効なアプローチであるという仮説を支持する。しかし,この新しい方法論については,従来の方法とこの新しいアプローチとの間の滑らかな移行を可能にするために,水質評価に関する過去10年間の知識を蓄積することなく,依然として,この新しい方法に関する研究が行われている。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ソフトウェア ,  *DNA【核酸】 ,  代謝 ,  *適応性 ,  品質 ,  *珪藻類 ,  モルフォロジー ,  生態学 ,  *河川 ,  バーコード ,  *ポルトガル共和国 ,  PCR法
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  ハイスループット ,  分類学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 珪藻類 ,  DNAメタバーコーディング ,  バイオモニタリング ,  ポルトガルの河川 ,  水質評価

分類 (2件)： 動物に対する影響  (EE05040R) ,  海洋汚濁  (SB02040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 珪藻類 ,  ポルトガル ,  河川 ,  生物学的評価 ,  DNA ,  メタバーコーディング法 ,  適用性