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J-GLOBAL ID：201902225626898899   整理番号：19A2422824

蛋白質配列データベースの柱状指数スキーマへの効率的変換【JST・京大機械翻訳】

Efficient Transformation of Protein Sequence Databases to Columnar Index Schema

著者 (8件)： Zoun Roman (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany) ,  Schallert Kay (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany) ,  Broneske David (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany) ,  Trifonova Ivayla (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany) ,  Chen Xiao (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany) ,  Heyer Robert (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany) ,  Benndorf Dirk (Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems, Magdeburg, Germany) ,  Saake Gunter (University of Magdeburg, Magdeburg, Germany)
資料名： Communications in Computer and Information Science  (Communications in Computer and Information Science)
巻： 1062  ページ： 67-72  発行年： 2019年 
JST資料番号： W5071A  ISSN： 1865-0929  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析を用いて蛋白質を配列し,生物学的環境のバイオマーカーを抽出した。これらのバイオマーカーは数千の病気を診断し,バイオガスプラントのような生物学的環境を最適化するために用いることができる。蛋白質配列データのインデクシングにより,実験を行い,分析をスピードアップすることができる。本研究では,シーケンスデータを保存するために,カラム指向のインデックスを用いた分散カラムベースのデータベース管理システムのためのスキーマを提示した。これにより,蛋白質配列データを標準フォーマットから新しいスキーマに変換する方法が問題になる。変換の4つの異なる方法を解析し,それらの4つの異なる方法を評価した。結果は,提案した拡張基数ツリーがメモリ消費と計算時間に関して最良の性能を持つことを示した。したがって,radixツリーは,蛋白質配列のインデックス化されたスキーマへの変換のための適切なデータ構造であることが証明された。Copyright 2019 Springer Nature Switzerland AG Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 最適化 ,  バイオマーカー ,  *アミノ酸配列 ,  *タンパク質 ,  *データベース ,  *データ構造 ,  質量分析 ,  記憶装置 ,  データベース管理システム
準シソーラス用語： 基数 ,  バイオガスプラント , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： TRIE ,  Radixツリー ,  ストレージシステム ,  シーケンスデータ

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質配列 ,  データベース ,  指数 ,  スキーマ