文献

J-GLOBAL ID：201902225773156251   整理番号：19A1651340

Dromedaryラクダゲノムの近染色体集合【JST・京大機械翻訳】

A Near Chromosome Assembly of the Dromedary Camel Genome

著者 (5件)： Ruvinskiy Daniil (Comparative Biomedical Sciences, Royal Veterinary College, University of London, London, United Kingdom) ,  Larkin Denis M. (Comparative Biomedical Sciences, Royal Veterinary College, University of London, London, United Kingdom) ,  Larkin Denis M. (The Federal Research Center, Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia) ,  Farre Marta (Comparative Biomedical Sciences, Royal Veterinary College, University of London, London, United Kingdom) ,  Farre Marta (School of Biosciences, University of Kent, Canterbury, United Kingdom)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 32  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ドロメダリーラクダは,世界の多くの地域において経済的で社会的に重要な家畜の種であり,牛乳および肉の輸送および生産に使用されている。ウシやウマのように,ラクダは工業的な農業条件やスポーツに使用されている可能性がある。ラクダ競走は,数百万ドルの産業であり,いくつかの標本は,9.5 百万 USDの上方で評価されている。ヒトに対するその見かけの価値にもかかわらず,ドロメダリーのラクダはゲノミクスにおける無視された種である。ウシおよび他の栽培種はゲノム集合に関して多くの注目を集めているが,ラクダは足場レベルにしか組み立てられておらず,それは配列決定されたフラグメントのオーダーまたは染色体位置の明確な指標を与えない。本研究では,近染色体レベル集合におけるこれらの足場を組織化し,配向させるために,ウシとヒトのゲノムと並んだラクダ足場のリード対情報を用いるために,参照補助染色体集合(racA)アルゴリズムを実行した。この方法は72の大きなサイズのフラグメント(N5054.36Mb)を生成した。次に,これらの予測された染色体フラグメント(PCF)を,アルパカ染色体のラクダおよび細胞遺伝学的地図の比較マップと比較し,さらに,組立をさらにアップグレードすることを可能にした。このドロメダルラクダ組立は,クロマチン立体配座または/および長い読出し技術により生成される将来のラクダ集合を検証するための貴重なツールであると思われる。本研究は,dromeの最初の近染色体集合を提供し,したがって,家畜のゲノム構造に関する知識の成長プールにこの経済的に重要な種を加える。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： スポーツ ,  アルゴリズム ,  *染色体 ,  ヒト ,  *ラクダ ,  家畜 ,  クロマチン ,  栽培品種 ,  立体配座 ,  *ゲノム ,  農業 ,  牛乳
準シソーラス用語： 読出し ,  アルパカ ,  ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Dromedaryラクダ ,  ゲノム ,  染色体 ,  組立 ,  ラクダ

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

引用文献 (36件)：

• Alluwaimi A. M., Al Mohammad Salem K. A., Al Ashqer R. A., Al shubaith I. H. (2017). The camel’s (Camelus Dromedarius) mammary gland immune system in health and disease. Adv. Dairy Res. 5 1-6. doi: 10.4172/2329-888X.1000171
• Andersson L., Georges M. (2004). Domestic-animal genomics: deciphering the genetics of complex traits. Nat. Rev. Genet. 5 202-212. doi: 10.1038/nrg1294
• Andrews S. (2010). FastQC: A Quality Control Tool for High Throughput Sequence Data. Available at: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/ doi: 10.1038/nrg1294
• Avila F., Baily M. P., Perelman P., Das P. J., Pontius J., Chowdhary R., et al (2014). A comprehensive whole-genome integrated cytogenetic map for the alpaca (Lama pacos). Cytogenet. Genome Res. 144 196-207. doi: 10.1159/000370329
• Balmus G., Trifonov V. A., Biltueva L. S., O’Brien P. C., Alkalaeva E. S., Fu B., et al (2007). Cross-species chromosome painting among camel, cattle, pig and human: further insights into the putative Cetartiodactyla ancestral karyotype. Chromosom. Res. 15 499-515. doi: 10.1007/s10577-007-1154-x

タイトルに関連する用語 (4件)： ラクダ ,  ゲノム ,  染色体 ,  集合