文献

J-GLOBAL ID：201902226543230774   整理番号：19A1651048

関連マッピングと連鎖解析による高地ワタ(Gossypium hirsutum L.)の繊維長に関与する遺伝子座と候補遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Loci and Candidate Genes Responsible for Fiber Length in Upland Cotton (Gossypium hirsutum L.) via Association Mapping and Linkage Analyses

著者 (14件)： Zhang Chi (College of Agronomy, Northwest A&F University, Yangling, China) ,  Zhang Chi (State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an, China) ,  Zhang Chi (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Li Libei (State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an, China) ,  Li Libei (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Liu Qibao (State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an, China) ,  Liu Qibao (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Gu Lijiao (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Huang Jianqin (State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an, China) ,  Wei Hengling (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Wang Hantao (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China) ,  Yu Shuxun (College of Agronomy, Northwest A&F University, Yangling, China) ,  Yu Shuxun (State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an, China) ,  Yu Shuxun (State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Anyang, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 10  ページ： 53  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 繊維長(FL)はワタの重要な繊維品質特性である。FLに関与する多くの繊維品質量的形質遺伝子座(QTL)が同定されているが,主に不安定な環境または大きな信頼区間により,育種プログラムにほとんど適用できない。本研究では,FLに関与する高品質QTLを同定し検証するために,ゲノムワイド関連研究(GWAS)と連鎖マッピングを組み合わせた。GWASについて,355系統に基づく93,250の高品質一塩基多型(SNP)マーカーを開発し,FLを8つの異なる環境で測定した。連鎖マッピングのために,2つの極端な系統からF_2集団を構築した。高密度連鎖地図は,3,848.29cMに及び,平均マーカー間隔は1.41cMであった。全部で,14と13のQTLが,それぞれ関連と連鎖マッピング分析で同定された。最も重要なことに,両集団で同定された染色体D03上の主要QTLは表現型変異(PV)の10%以上を説明した。さらに,スクロース合成関連遺伝子(Gh_D03G1338)がこのQTL領域におけるFLと関連することを見出した。RNA-seqデータは,Gh_D03G1338が繊維発達段階の間に高度に発現され,qRT-PCR分析が長繊維と短繊維品種の間に有意な発現差異を示したことを示した。これらの結果は,Gh_D03G1338がショ糖の合成を制御することによって綿繊維伸長を決定する可能性があることを示唆する。好ましいQTLと候補遺伝子はワタ育種における繊維品質の増加に有用である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 信頼区間 ,  染色体 ,  育種 ,  *高地 ,  連鎖地図 ,  *遺伝子 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  成長段階 ,  一塩基多型 ,  量的形質遺伝子座 ,  品種
準シソーラス用語： RNA-seq ,  表現型変異 ,  繊維品質 ,  *候補遺伝子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 高地の綿 ,  繊維長 ,  GWAS ,  QTL ,  スクロース合成

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (82件)：

• Ali I., Teng Z., Bai Y., Yang Q., Hao Y., Hou J., et al (2018). A high density SLAF-SNP genetic map and QTL detection for fibre quality traits in Gossypium hirsutum. BMC Genomics 19:879. doi: 10.1186/s12864-018-5294-5
• Bates D., Maechler M., Bolker B., Walker S. (2014). lme4: linear mixed-effects models using Eigen and S4. R Package Version 1 1-23. doi: 10.1186/s12864-018-5294-5
• Bernardo R. (2004). What proportion of declared QTL in plants are false? Theor. Appl. Genet. 109 419-424. doi: 10.1007/s00122-004-1639-3
• Blenda A., Scheffler J., Scheffler B., Palmer M., Lacape J. M., Yu J. Z., et al (2006). CMD: a cotton microsatellite database resource for Gossypium genomics. BMC Genomics 7:132. doi: 10.1186/1471-2164-7-132
• Bradbury P. J., Zhang Z., Kroon D. E., Casstevens T. M., Ramdoss Y., Buckler E. S. (2007). TASSEL: software for association mapping of complex traits in diverse samples. Bioinformatics 23 2633-2635. doi: 10.1093/bioinformatics/btm308

タイトルに関連する用語 (9件)： マッピング ,  連鎖解析 ,  高地 ,  ワタ ,  Gossypium ,  繊維長 ,  遺伝子座 ,  候補遺伝子 ,  同定