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J-GLOBAL ID：201902227106849870   整理番号：19A0880695

DNAによるネトロプシンの標準結合自由エネルギーの正確な推定【JST・京大機械翻訳】

Accurate Estimation of the Standard Binding Free Energy of Netropsin with DNA

著者 (15件)： Zhang Hong (Research Center for Analytical Sciences, College of Chemistry, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, Nankai University, Tianjin 300071, China) ,  Gattuso Hugo (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), Universite de Lorraine-Nancy, 54506 Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Gattuso Hugo (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), CNRS, 54506 Vandeouvre-les-Nancy, France) ,  Dumont Elise (Univ Lyon, Ens de Lyon, CNRS UMR 5182, Laboratoire de Chimie, Universite Claude Bernard Lyon 1, F-69342 Lyon, France) ,  Cai Wensheng (Research Center for Analytical Sciences, College of Chemistry, Tianjin Key Laboratory of Biosensing and Molecular Recognition, Nankai University, Tianjin 300071, China) ,  Cai Wensheng (Collaborative Innovation Center of Chemical Science and Engineering, Nankai University, Tianjin 300071, China) ,  Monari Antonio (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), Universite de Lorraine-Nancy, 54506 Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Monari Antonio (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), CNRS, 54506 Vandeouvre-les-Nancy, France) ,  Chipot Christophe (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), Universite de Lorraine-Nancy, 54506 Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Chipot Christophe (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), CNRS, 54506 Vandeouvre-les-Nancy, France) ,  Chipot Christophe (Laboratoire International Associe Centre National de la Recherche Scientifique et University of Illinois at Urbana-Champaign, Champaign, Illinois, 54506 Vandeouvre-les-Nancy, France) ,  Chipot Christophe (Department of Physics, University of Illinois at Urbana-Champaign, 1110 West Green Street, Urbana, IL 61801, USA) ,  Dehez Francois (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), Universite de Lorraine-Nancy, 54506 Vandoeuvre-les-Nancy, France) ,  Dehez Francois (UMR 7019, Theoretical Physics and Chemistry Department (LPCT), CNRS, 54506 Vandeouvre-les-Nancy, France) ,  Dehez Francois (Laboratoire International Associe Centre National de la Recherche Scientifique et University of Illinois at Urbana-Champaign, Champaign, Illinois, 54506 Vandeouvre-les-Nancy, France)
資料名： Molecules (Web)  (Molecules (Web))
巻： 23  号： 2  ページ： 228  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7014A  ISSN： 1420-3049  CODEN： MOLEFW  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAは非共有相互作用を介して結合する化合物(薬物,汚染物質,光増感剤など)の標的である。それらの構造とそれらの化学的性質に依存して,DNAバインダーは二本鎖DNAのマイナーまたは主要溝に結合することができる。それらは,2つの隣接塩基対間に挿入することができるか,またはDNA二重螺旋内の1つまたは2つの塩基対を置き換えることもできる。その後の生物学的効果は結合モチーフの構造に強く依存する。異なる結合パターン間の識別は,DNAに及ぼす与えられた化合物の影響を予測し合理化するために非常に重要である。しかしながら,DNA複合体の構造的特性化は,実験レベルで厄介なままである。本研究では,全原子分子動力学シミュレーションを用いて,二本鎖DNAのマイナー溝に関連する,良く特性化された抗ウイルスおよび抗微生物薬であるネトロシンによるDNAの標準結合自由エネルギーを決定した。結合を伴う配置エントロピーの大きな変化を捉えることができない古典的分子動力学シミュレーションのサンプリング限界を克服するために,集団変数に作用する一連の幾何学的拘束を含む平均力計算の一連のポテンシャルを再検討した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 計算機シミュレーション ,  *自由エネルギー ,  汚染物質 ,  二重螺旋 ,  相互作用 ,  分子動力学 ,  粘結剤 ,  *DNA【核酸】 ,  キャラクタリゼーション ,  塩基対 ,  構造特性 ,  窒素複素環化合物 ,  カルボアミド
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  全原子分子動力学シミュレーション ,  二本鎖DNA ,  *結合自由エネルギー , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 自由エネルギーの結合 ,  DNA感作 ,  ネトロプシン ,  全原子分子動力学 ,  小溝結合剤

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (1件)： ネトロプシン

引用文献 (77件)：

• Cooke, M.S.; Evans, M.D.; Dizdaroglu, M.; Lunec, J. Oxidative DNA damage: Mechanisms, mutation, and disease. FASEB J. 2003, 17, 1195-1214.
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• Nikitaki, Z.; Hellweg, C.E.; Georgakilas, A.G.; Ravanat, J.L. Stress-induced DNA damage biomarkers: Applications and limitations. Front. Chem. 2015, 3, 35.
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タイトルに関連する用語 (5件)： DNA ,  ネトロプシン ,  標準 ,  結合自由エネルギー ,  推定