春における微生物ネットワーク  定量的ミクロバイオームデータのためのセミパラメトリックランクに基づく相関と部分相関推定【JST・京大機械翻訳】

Yoon Grace; Gaynanova Irina; Mueller Christian L.

文献

J-GLOBAL ID：201902227483546967 整理番号：19A1921967

春における微生物ネットワーク定量的ミクロバイオームデータのためのセミパラメトリックランクに基づく相関と部分相関推定【JST・京大機械翻訳】

Microbial Networks in SPRING - Semi-parametric Rank-Based Correlation and Partial Correlation Estimation for Quantitative Microbiome Data

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資料名：
巻： 10 ページ： 516 発行年： 2019年
JST資料番号： U7071A ISSN： 1664-8021 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

標的アンプリコンベース及びメタゲノムプロファイリングのような高スループット微生物配列決定技術は,海洋生態系から宿主関連生息場所までの範囲の自然環境における微生物群集の低コストゲノム調査データを提供する。標準的な微生物プロファイリングデータは,操作的分類単位または遺伝子のまばらな相対存在量を提供することができるが,実験プロトコルにおける最近の進歩は,同じ試料からの微生物細胞数の直交測定により,配列決定に基づく技術により微生物群集のより定量的な描像を与える。これらのタンデム測定は,限られた配列決定深さのために,絶対的な微生物計数データを提供する。本論文では,このような定量的な微生物データから相関と部分的相関を推定する基本的な統計的問題を考察した。この目的のために,データ中の過剰ゼロを自然に扱うことができる相関推定へのセミパラメトリックランクに基づくアプローチを提案した。この推定器を疎なグラフィカルモデリング技術と組み合わせることにより,Graphicalモデル(SPRING)におけるINferenceのための半パラメトリックランクベースのアプローチを導くことができる。春は,基礎となる微生物生態系の高レベルの統計的要約として役立つ定量的微生物データから統計的微生物関連ネットワークの推論を可能にし,機能的種-種相互作用に対する安定した仮説を提供することができる。検証された微生物関連性の欠如により,測定された計数データの経験的限界分布を模倣する新しい定量的微生物データ生成機構も導入したが,同時に,変数間のユーザ指定依存性を可能にした。スプリングは,様々なネットワークトポロジーを持つ広範囲の現実的ベンチマーク問題に対して優れたネットワーク回復性能を示し,全セル数推定の誤仕様に対してロバストである。SPRINGの広い適用性を強調するために,アメリカのGutプロジェクトデータと最近の定量的な腸の微生物データセットからの属-属の関連性から分類群-分類群の関連性を推論した。著者らは,定量的なマイクロバイオームプロファイリングデータがますます利用可能になると信じて,ここで導入された相関と部分相関推定のための半パラメトリック推定器は,定量的マイクロバイオームデータの信頼できる統計解析のための重要なツールを提供する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子の構造と化学

引用文献 (59件)：

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Bahram M., Hildebrand F., Forslund S. K., Anderson J. L., Soudzilovskaia N. A., Bodegom P. M., et al. (2018). Structure and function of the global topsoil microbiome. Nature 560, 233-237. doi: 10.1038/s41586-018-0386-6
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春における微生物ネットワーク 定量的ミクロバイオームデータのためのセミパラメトリックランクに基づく相関と部分相関推定【JST・京大機械翻訳】

春における微生物ネットワーク定量的ミクロバイオームデータのためのセミパラメトリックランクに基づく相関と部分相関推定【JST・京大機械翻訳】