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J-GLOBAL ID：201902229216903430   整理番号：19A2525004

マイクロアレイと競合PCRを用いた微生物群集の絶対定量法【JST・京大機械翻訳】

Method for absolute quantification of microbial communities by using both microarrays and competitive PCR

著者 (3件)： Yazawa Ayaka (College of Health and Human Sciences, Osaka Prefecture University, 3-7-30 Habikino, Habikino-City, Osaka 583-8555, Japan) ,  Kamitani Shigeki (College of Health and Human Sciences, Osaka Prefecture University, 3-7-30 Habikino, Habikino-City, Osaka 583-8555, Japan) ,  Togawa Naoyuki (Bio-Device Group, Tsurumi R&D Center, Mitsubishi Chemical Co., Ltd, Yokohama-City, Japan)
資料名： Journal of Microbiological Methods  (Journal of Microbiological Methods)
巻： 165  ページ： Null  発行年： 2019年 
JST資料番号： H0882A  ISSN： 0167-7012  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌群集のロバストな定量法はまだ開発中である。本研究では,試料中の全細菌と個々の細菌種の絶対含有量の定量のための競合PCR(cPCR)とマイクロアレイ分析を組み合わせた方法を評価することを目的とした。このために,3種類のDNAプローブを含むcPCRとマイクロアレイに対する競合DNAを調製した。標準としてゲノムDNA試料を用いて検量線を作成し,それを他の細菌試料中の16S rRNA遺伝子の全数(moles)のcPCRに基づく定量に利用した。さらに,既知濃度の各ゲノムDNAに対する種特異的プローブ対全細菌プローブの散布プロットを回帰モデルに適合させ,得られた勾配値をハイブリダイゼーション親和性比として定義した。市販の混合ゲノムDNA試料とヒト口腔細菌DNA試料の両方についてcPCRアッセイを行い,16S rRNA遺伝子のモル数を決定した。これらの値は種特異的プローブのシグナル強度とハイブリダイゼーション親和性比に基づいて各種間に分布した。細菌ゲノムの総数と個々の種のそれらを,ゲノム当たり16S rRNA遺伝子のコピー数を分割することによって決定した。得られた結果を定量的リアルタイムPCR(qPCR)により確認した。qPCRによって測定された>1×10~2コピーの値に対して,qPCRによって測定されたDNAチップによって測定された値の比率は,平均で1.53倍,すべてのデータで<2.6倍であった。これらの結果は,cPCRとマイクロアレイの組合せ法が,1回の試料中の数種の細菌の絶対数を定量するのに有用であることを示している。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 分子ハイブリダイゼーション ,  回帰モデル ,  *定量分析 ,  ゲノム ,  ロバスト性 ,  ヒト ,  DNAプローブ ,  細菌 ,  定量的PCR法 ,  プローブ ,  DNA【核酸】 ,  DNAマイクロアレイ ,  16S rRNA ,  ゲノムDNA ,  *マイクロアレイ ,  微生物

著者キーワード (4件)： マイクロアレイ ,  競合的PCR ,  絶対定量化 ,  ハイブリダイゼーション親和性比

分類 (3件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  微生物検査  (GC02030H)

タイトルに関連する用語 (5件)： マイクロアレイ ,  競合 ,  PCR ,  微生物群集 ,  定量法