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J-GLOBAL ID：201902229983832833   整理番号：19A0887121

Orbitrap融合トリブリッド質量分析計を用いた機密りん酸化部位局在化のパラメータの評価【JST・京大機械翻訳】

Evaluation of Parameters for Confident Phosphorylation Site Localization Using an Orbitrap Fusion Tribrid Mass Spectrometer

著者 (10件)： Ferries Samantha (Centre for Proteome Research, University of Liverpool) ,  Ferries Samantha (Department of Biochemistry, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool) ,  Perkins Simon (Department of Functional and Comparative Genomics, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, United Kingdom) ,  Brownridge Philip J. (Centre for Proteome Research, University of Liverpool) ,  Campbell Amy (Centre for Proteome Research, University of Liverpool) ,  Campbell Amy (Department of Biochemistry, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool) ,  Eyers Patrick A. (Department of Biochemistry, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool) ,  Jones Andrew R. (Department of Functional and Comparative Genomics, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, United Kingdom) ,  Eyers Claire E. (Centre for Proteome Research, University of Liverpool) ,  Eyers Claire E. (Department of Biochemistry, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 16  号： 9  ページ： 3448-3459  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析(MS)による蛋白質リン酸化部位の確実な同定は,リン酸化仲介シグナル伝達イベントの理解を進めるために必須である。しかしながら,新しい装置の開発は,MSデータ取得のための方法とその質問を評価し,高処理ホスホプロテオミクスのために最適化する必要がある。ここでは,合成ホスホペプチドライブラリーと複雑なホスホペプチド濃縮細胞溶解物の両方を用いた,新しいトリブリッドOrbitrap Fusion MSプラットフォーム上での8種のMS取得法を比較し,対比した。複数のフラグメンテーション領域(HCD,EThcD,及び中性損失誘発ET-(ca/hc)-D)及びMS/MS(OT)対イオントラップ(IT)の分析器を評価することに加えて,2つの一般的に使用されているバイオインフォマティクスプラットホーム,PTMスコアを持つAndromeda,及び決定的なホスホサイト局在化のためのptmRSを用いたMASCOOTを比較した。著者らの発見は,最適なホスホサイト同定が,データ質問のためにMASCOT/ptmRSを用いて,HCDフラグメンテーションと高分解能OrbitrapベースMS/MS分析を用いて達成されることを示す。EThcDは与えられたPSMに対する混乱部位局在化に最適であるが,HCDと比較して増加したデューティサイクルは同定されたホスホサイトの数を損なう。最後に,著者らのデータは,電荷状態依存性フラグメンテーション領域と多重アルゴリズム探索戦略が,大規模なホスホサイト局在化を混乱させるのに役立つ可能性があることを強調した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 電荷 ,  リン酸化 ,  *質量分析 ,  カオス ,  フラグメンテーション ,  多重化 ,  最適化 ,  高分解能 ,  アルゴリズム ,  データ収集
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  ホスホペプチド ,  ホスホプロテオミクス ,  *局在化 ,  *Orbitrap , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (10件)： 質量分析 ,  ホスホプロテオミクス ,  ホスホサイト局在化 ,  リン酸化部位 ,  Orbitrap融合 ,  PTMRS ,  PTMスコア ,  マスカット ,  Andromeda ,  ETCD

分類 (2件)： 質量分析  (CC03013N) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (8件)： Orbitrap ,  融合 ,  質量分析計 ,  機密 ,  りん酸化部位 ,  局在化 ,  パラメータ ,  評価