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J-GLOBAL ID：201902231079220014   整理番号：19A0887090

MSVIZ:翻訳後修飾の徹底的マニュアル検証と定量化のためのグラフィカルソフトウェアツール【JST・京大機械翻訳】

MsViz: A Graphical Software Tool for In-Depth Manual Validation and Quantitation of Post-translational Modifications

著者 (8件)： Martin-Campos Trinidad (Vital-IT Group, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Mylonas Roman (Vital-IT Group, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Mylonas Roman (Protein Analysis Facility, Center for Integrative Genomics, University of Lausanne, Switzerland) ,  Masselot Alexandre (Vital-IT Group, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Waridel Patrice (Protein Analysis Facility, Center for Integrative Genomics, University of Lausanne, Switzerland) ,  Petricevic Tanja (Institute of Pathology, University of Lausanne and Centre Hospitalier Universitaire Vaudois, Switzerland) ,  Xenarios Ioannis (Vital-IT Group, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Quadroni Manfredo (Protein Analysis Facility, Center for Integrative Genomics, University of Lausanne, Switzerland)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 16  号： 8  ページ： 3092-3101  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 質量分析(MS)は,蛋白質の大規模同定と定量およびそれらの翻訳後修飾(PTM)のための選択のツールになった。この開発はMSデータの自動分析のための強力なソフトウェアパッケージにより可能になった。数千の蛋白質のPTMsに関するデータは今日容易に得られるが,単一蛋白質上でも修飾パターンの複雑性と組み合わせを完全に解読することは困難なままである。さらに,興味のある蛋白質に関するPTMsの機能的研究は,しばしばヒト評価を必要とするいくつかの条件,タスクを通してのその変化の局在化と正確な定量化の検証を必要とする。大規模な分析のためのソフトウェアツールは,非常に効率的であるが,個々の蛋白質に関するデータの相互作用的で,徹底的な調査のためにめったに隠されていない。ここでは,PTMsの手動検証を支援するウェブベースで相互作用的なソフトウェアツール,および小規模および中規模の実験におけるそれらの相対的定量化について述べた。このツールは,配列被覆情報,ペプチド-スペクトル整合,タンデムMSスペクトル,および単一の高度に直感的な界面を通して抽出されたイオンクロマトグラムを表示する。著者らは,MsVitzが手動データ検査を非常に容易にし,複数の試料にわたるPTM位置と定量化された化学種を検証することを見出した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 界面 ,  Web【情報システム】 ,  *支援プログラム ,  質量スペクトル ,  自動分析 ,  プログラムパッケージ ,  タンパク質 ,  被覆 ,  *翻訳後修飾 ,  ペプチド ,  相互作用 ,  ヒト ,  直列接続
準シソーラス用語： 局在化 ,  複雑性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： タンデム質量分析 ,  データ依存取得 ,  翻訳後修飾 ,  リン酸化 ,  サイトの位置決め ,  抽出イオンクロマトグラム ,  データ可視化 ,  マニュアル検証

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 翻訳後修飾 ,  マニュアル ,  検証 ,  定量化