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J-GLOBAL ID：201902233105806080   整理番号：19A1968746

24 ミニEQにおけるNGSによる異数性に対する着床前遺伝子検査 小型実験室のための信頼できる代替案【JST・京大機械翻訳】

24. PREIMPLANTATION GENETIC TESTING FOR ANEUPLOIDIES WITH NGS ON MINISEQ. A RELIABLE ALTERNATIVE FOR SMALL LABORATORIES

著者 (6件)： Papaevripidou I. (Cytogenetics and Genomics Department, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus) ,  Alexandrou A. (Cytogenetics and Genomics Department, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus) ,  Constantinou E. (Cytogenetics and Genomics Department, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus) ,  Theodosiou A. (Cytogenetics and Genomics Department, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus) ,  Evangelidou P. (Cytogenetics and Genomics Department, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus) ,  Sismani C. (Cytogenetics and Genomics Department, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, The Cyprus School of Molecular Medicine, Nicosia, Cyprus)
資料名： Reproductive BioMedicine Online  (Reproductive BioMedicine Online)
巻： 39  号： S1  ページ： e41-e42  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3229A  ISSN： 1472-6483  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： IVFで使用される異数体(PGT-A)に対する着床前遺伝的試験に対する要求は,euploid胚を移すことにより妊娠結果を改善するために絶えず増加している。NGSの導入は,世界中の多くの研究室で現在実施されているアレイプラットフォームから低深度ハイスループット全ゲノム配列へのPGT-Aの急速な遷移をもたらした。しかし,小規模な研究室では,アレイプラットフォームからNGSへの移行も,コスト有効性を考慮しなければならない。本研究の目的は,この部門の既存のプラットフォームであるミニSeq上で,VeriSeq~TM PGS(Illina Inc.)を用いて,アレイCGHからNGSへの遷移を達成することであった。結果として,本研究では,アレイCGHとNGSの間のPGT-A結果を比較し,また,MiniSeqとMiSeqからのNGS結果を直接比較し,VerisSeq~TM PGSが既に検証されているプラットフォームである。全部で110の増幅された生検試料が含まれ,3つの相に分割された本研究で盲目的に分析された。最初に,array-CGHを用いて以前に分析された3日目(13日)と5日目(17日)の胚の30の生検を含んだ。これらの試料をMiSeqDxとMiniSeqプラットフォーム(Illina Inc.)の両方で配列決定した。第二相では,セグメント,モザイクまたは完全異数体を有する80の増幅生検試料(5日目)を,ミニSeq高出力試薬キット(75サイクル)(Illina Inc.)を用いて,paired-end(2×36)配列決定を用いてミニSeqプラットフォーム上で実行した。最後の相は,50%,40%,30%および20%の異数体を与えるために,異なる染色体損失/利得を有する連続希釈試料を混合することによってモザイク現象に対する感度を検出することであった。全ての相についてのライブラリー調製を,製造者の推奨に従ってVerisSeq~TM PGS(Illina Inc.)を用いて実施した。ミニSeqに対して,アラインメントの二次解析をBBA-MEMを用いて実行し,整列した読取を生成した。自家パイプラインを実装して,ブルーヒューズマルチv4.4上のサンプルの下流分析を容易にするために,バムファイル内のヘッダを調整した。プラットフォームミニSeqとMiSeqの両方に関する比較結果は,100%の一致を示し,特に小規模な研究所に対して,PGT-Aに対する費用効果的な代替アプローチとしてミニSeqプラットフォームを用いて住宅パイプラインに置いた。2つの異なる技術アレイCGHとNGSは,試験した試料の105/107(98%)で一致する結果を示し,分析した染色体当たり99.8%(2410/2415)の全体的一致率を示した。検出されたすべての差異はモザイク現象に起因した。3つの3日目の胚は,それらがVerisSeq~TM PGS品質基準を通過できなかったので,分析から除外された。NGSは,より広いダイナミックレンジにより,アレイCGHよりも優れたプロファイルを示すすべてのセグメント,モザイクまたは完全異数体(最小15Mb)を検出することに成功した。モザイク検出のためのNGSプラットフォームの感度は20%と定義された。検証研究結果により,VerisSeqはミニSeqプラットフォームと完全に互換性があり,MiSeqから得られた結果と完全に一致することを実証した。結果は,NGSによるPGT-AがaCGHプラットフォームより正確に染色体モザイク性と分節性異数性を同定することができることを示した。段階的に減少する配列決定のコストによって,PGT-Aのコストは,妊娠成功の機会を強化するために,すべての稔性患者にアクセスできるサービスを作るだろう。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 有効性 ,  染色体 ,  異数体 ,  互換性 ,  *遺伝 ,  *着床 ,  生検 ,  モザイク性 ,  高速度 ,  アラインメント ,  ヒト ,  妊娠
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  ハイスループット ,  妊娠転帰 ,  *異数性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 異数性に対する着床前遺伝子検査 ,  次世代シークエンシング ,  モザイク現象 ,  ミニEQ

分類 (2件)： 先天性疾患・奇形一般  (GD03010V) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 異数性 ,  着床 ,  遺伝子検査 ,  実験 ,  信頼 ,  代替案