抄録/ポイント：
抄録/ポイント
文献の概要を数百字程度の日本語でまとめたものです。
部分表示の続きは、JDreamⅢ(有料)でご覧頂けます。
J-GLOBALでは書誌(タイトル、著者名等)登載から半年以上経過後に表示されますが、医療系文献の場合はMyJ-GLOBALでのログインが必要です。
[目的]3種類の白フナの交雑子世代のトランスクリプトミクス特徴を研究し、フナコイの交雑優勢の分子メカニズムの解明に理論的根拠を提供し、同時に、生産上、生長速度が速く、肉質がよく、適応能力が強い交雑品種を育成するために、技術参考を提供する。[方法]白フナ(♀)×黒竜江野鯉(♂)交雑子(略称HB),白フナ(♀)×散鱗鏡鯉(♂)交雑子(略称SB)と白フナ(♀)×興国赤鯉(♂)交雑子(略称XB)を研究対象とした。RNA-seqハイスループットシークエンシング技術を利用して、3種類の白フナ交雑サブ世代トランスクリプトームライブラリーを構築し、HiSeqPE150によるシークエンシング分析を行い、原始配列はTrinityで組み立てた後、機能アノテーション(E-value<1e-5)を行った。差次的発現遺伝子をDESeq2Rで同定し,GOseqRとKOBASを用いて,それぞれ,GOとKEGGの濃縮分析を行った。MicroSAtelliteを用いて,転写産物のSSR遺伝子座をマイニングした。[結果]合計2258のunigenesを組み立て、平均長さは668bpで、N50は938bpであり、171461のunigenesはタンパク質データベース(Nr)、非冗長ヌクレオチドデータベース(Nt)に注釈できる。蛋白質配列データベース(SwissPort)、遺伝子オントロジー(GO)、オルソログ遺伝子クラスター(COG/KOG)と京都遺伝子とゲノム百科全書(KEGG)データベースにおいて、注釈率は75.92%であった。そのうち、52630本のunigenesはNRデータベースに注釈し、43659個のunigenesはSwissPortデータベースに注釈し、35756個のunigenesはCOG/KOGデータベースに注釈し、生化学的代謝、シグナル伝達機構、及び、代謝機構を含む、COG/KOGのデータベースに注釈した。防御システムと細胞構造など。差次的発現遺伝子KEGG分析の結果、多くの差次的発現遺伝子はエンドサイトーシス、Jak-STATシグナル経路、リソソーム、ファゴソームとWntシグナル経路などの免疫関連及び生長発育に関連するMAPKシグナル経路と関係があることが明らかになった。Hippo信号経路と背腹軸形成などの経路。さらに、得られたトランスクリプトーム配列から20272個のSSR遺伝子座が同定され、多くはジヌクレオチド反復モチーフ(62.15%)を占める。[結論]異なる白フナの雑種世代の間に多くの差次的発現遺伝子が存在し、中から抗酸化、免疫及び生長発育に関与する経路と遺伝子配列を獲得し、20272のSSR遺伝子座を掘り出し、選択的育種、分子マーカーの開発及び遺伝的多様性の展開に役立った。遺伝子地図の構築とQTLマッピングなどの研究を,行った。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】
