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J-GLOBAL ID：201902234357184883   整理番号：19A1491713

一価イオンはRNAシュードノットの多重折畳み経路を通してフラックスを調節する【JST・京大機械翻訳】

Monovalent ions modulate the flux through multiple folding pathways of an RNA pseudoknot

著者 (9件)： Roca Jorjethe (Department of Physics, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607) ,  Hori Naoto (Department of Chemistry, University of Texas at Austin, Austin, TX 78712) ,  Baral Saroj (Department of Physics, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607) ,  Velmurugu Yogambigai (Department of Physics, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607) ,  Narayanan Ranjani (Department of Physics, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607) ,  Narayanan Prasanth (Department of Physics, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607) ,  Thirumalai D. (Department of Chemistry, University of Texas at Austin, Austin, TX 78712) ,  Ansari Anjum (Department of Physics, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607) ,  Ansari Anjum (Department of Bioengineering, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL 60607)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 115  号： 31  ページ： E7313-E7322  発行年： 2018年 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAシュードノット(PKs)の機能は,それらの構造,安定性,および動力学によって決定される,最小三次構造モチーフおよびいくつかのリボザイムおよびリボ核蛋白質複合体の不可欠な部分である。したがって,それらの熱力学/折畳み機構を支配する一般的原理を解明することは重要である。ここでは,リボソームフレームシフトに関与するマウス乳房腫瘍ウイルス(MMTV)PKの変異体,VPKの折畳み/非折畳み経路を決定するために,レーザ温度ジャンプ実験と粗粒シミュレーションを組み合わせた。PKにおける異なる幹/ループ位置に置いた蛍光ヌクレオチド類似体(2-アミノプリンとピロロシチジン)は,異なる固有安定性を有する2つの構成ヘアピンを持つVPKの集合の順序を監視することを可能にする局所プローブとして役立つ。50mM KClにおいて,支配的折畳み経路はより安定なヘアピン中間体のみを占めることを示した。塩濃度が増加すると,交互中間体としてより安定なヘアピンを含む平行折畳み経路が出現した。特に,経路間のフラックスはイオン強度により変調される。著者らの知見は,PK構造形成の順序がヘアピンの相対的安定性によって決定されるという原理を支持し,それは配列変化または塩濃度によって変化させることができる。2つの折畳み経路間の分配に及ぼす塩効果の実験結果は,調整可能なパラメータなしで行ったシミュレーションと著しく一致した。著者らの研究は,VPKが並列経路によって折畳まれるだけでなく,RNA自己集合のより豊かな記述のための実験とシミュレーションの組合せの力を示すことを明確に示す。Copyright 2019 The Author(s). Published by PNAS. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *多重化 ,  自己集合 ,  プローブ ,  三次構造 ,  イオン強度 ,  *折畳み ,  リボザイム ,  シミュレーション ,  複合体 ,  蛍光 ,  中間体 ,  デコンボリューション ,  熱力学
準シソーラス用語： *シュードノット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： RNA折畳み ,  レーザ温度ジャンプ分光法 ,  時間分解蛍光 ,  蛍光ヌクレオチド類似体 ,  粗視化シミュレーション

分類 (3件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (8件)： イオン ,  RNA ,  シュードノット ,  多重 ,  折畳み ,  経路 ,  フラックス ,  調節