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J-GLOBAL ID：201902234451516201   整理番号：19A1884253

蛋白質立体配座不均一性を研究するための最適シカ標識位置の予測【JST・京大機械翻訳】

Predicting Optimal DEER Label Positions to Study Protein Conformational Heterogeneity

著者 (3件)： Mittal Shriyaa (Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign) ,  Shukla Diwakar (Center for Biophysics and Quantitative Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign) ,  Shukla Diwakar (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Illinois at Urbana-Champaign)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 42  ページ： 9761-9770  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 二重電子-電子共鳴(DEER)分光法は,蛋白質の立体配座不均一性を理解するための強力な実験技術である。それは,それらの間の距離分布を得るために,蛋白質中の2つの残基にニトロキシドスピンラベルを付着させることを含む。しかし,蛋白質中の標識に対する残基対の選択は,実験者が蛋白質における全ての可能な残基対組合せの大きなセットからラベル位置をピックしなければならないので,注意深く考えられる必要がある。本論文では,蛋白質におけるDEERスピンラベル位置の選択の問題に取り組んだ。この目的のために,蛋白質動力学の全原子分子動力学シミュレーションを利用し,蛋白質の立体配座動力学を捕捉する能力に関して標識残基対のセットをランク付けした。この設計方法は次の二つの基準に基づいている。(1)DEERスピンラベル位置の理想的セットは,蛋白質動力学で観察される最も遅い立体配座変化過程を捉えるべきであり,(2)2セットの残基対は,全体的情報獲得を最大化し,標識残基対の数を減少させるために直交適合変化過程を記述する。蛋白質動力学のMarkov状態モデルを用いて,遅い動的過程と遺伝的アルゴリズムに基づくアプローチを同定し,限定的な計算時間要件を持つ残基対の最適選択を予測した。著者らは,β_2アドレナリン受容体,カルモジュリンのC末端ドメイン,およびペプチド輸送体PepT_SoにおけるDEER分光法のための最適残基対を予測する。この研究で調べた蛋白質に関するDEER実験を行うために用いたものよりも,選択が高いことを見出した。したがって,著者らの方法により決定されたDEER残基対の予測された選択は,蛋白質の立体配座不均一性への最大の洞察を提供し,一方,最小数の標識残基を用いた。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝的アルゴリズム ,  等級づけ ,  *タンパク質 ,  *不均一性 ,  配座転移 ,  ニトロキシド ,  計算機シミュレーション ,  *立体配座 ,  共鳴 ,  スピン標識 ,  モデル ,  直交性
準シソーラス用語： 全原子分子動力学シミュレーション ,  残基 ,  PELDOR ,  *蛋白質立体配座 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  有機化合物のEPR  (BM07024U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質立体配座 ,  不均一性 ,  研究 ,  シカ ,  標識 ,  予測