文献

J-GLOBAL ID：201902235893693031   整理番号：19A1822490

ラッサ:近似的DNA長読出しマッピングのための抵抗プレアラインメント加速器【JST・京大機械翻訳】

RASSA: Resistive Prealignment Accelerator for Approximate DNA Long Read Mapping

著者 (3件)： Kaplan Roman (Technion-Israel Institute of Technology) ,  Yavits Leonid (Technion-Israel Institute of Technology) ,  Ginosar Ran (Technion-Israel Institute of Technology)
資料名： IEEE Micro  (IEEE Micro)
巻： 39  号： 4  ページ： 44-54  発行年： 2019年 
JST資料番号： H0837A  ISSN： 0272-1732  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA読み取りマッピングは,ゲノム組立とコンセンサス研磨に必要な計算的に高価な生物情報学タスクである。それは,長い参照配列上で読まれた各DNAに対する最良適合位置を見出すことを必要とする。新しい抵抗近似類似性探索加速器(RASSA)は,DNA配列間のミスマッチ計数を反映するために,電荷分布と並列インメモリ処理を利用する。DNA長読出しプリアラインメントのRASSA実装は,最先端の解,最小2,16~77×,同等の精度で性能を発揮し,FPGAに実装された短読出しプリアラインメントハードウェアアーキテクチャ,GateKeeperよりも2桁高いスループットを提供した。Copyright 2019 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： FPGA ,  類似性 ,  スループット ,  *DNA【核酸】 ,  不整合 ,  ゲノム ,  研磨 ,  *近似法 ,  電荷分布 ,  *加速器
準シソーラス用語： 計数 ,  DNA配列 ,  バイオインフォマティクス ,  *読出し , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： ディジタル計算機ハードウェア一般  (JC04010C) ,  計算機方式・ハードウェア一般  (JC01000W) ,  制御方式  (JC02030K) ,  ディジタル計算機方式一般  (JC02010O) ,  計算機システム開発  (JD02010R)

タイトルに関連する用語 (5件)： 近似 ,  DNA ,  読出し ,  マッピング ,  加速器