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J-GLOBAL ID：201902236837223232   整理番号：19A0886774

タンデム質量スペクトルのためのクラスタ化アルゴリズムの比較と評価【JST・京大機械翻訳】

Comparison and Evaluation of Clustering Algorithms for Tandem Mass Spectra

著者 (10件)： Rieder Vera (Department of Statistics, TU Dortmund University, Germany) ,  Schork Karin U. (Department of Statistics, TU Dortmund University, Germany) ,  Schork Karin U. (Medizinische Fakultaet, Medizinisches Proteom-Center, Ruhr-University Bochum, Germany) ,  Kerschke Laura (Department of Statistics, TU Dortmund University, Germany) ,  Kerschke Laura (Institut fuer Biometrie und Klinische Forschung (IBKF) der Westfaelischen Wilhelms-Universitaet und des Universitaetsklinikums Muenster, Germany) ,  Blank-Landeshammer Bernhard (Leibniz-Institut fuer Analytische Wissenschaften-ISAS - e.V., Germany) ,  Sickmann Albert (Leibniz-Institut fuer Analytische Wissenschaften-ISAS - e.V., Germany) ,  Sickmann Albert (Medizinische Fakultaet, Medizinisches Proteom-Center, Ruhr-University Bochum, Germany) ,  Sickmann Albert (Department of Chemistry, College of Physical Sciences, University of Aberdeen, Scotland, United Kingdom) ,  Rahnenfuehrer Joerg (Department of Statistics, TU Dortmund University, Germany)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 16  号： 11  ページ： 4035-4044  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プロテオミクスにおいて,液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析(LC-MS/MS)は,ペプチドと蛋白質を同定するために確立されている。同じペプチドの多重スペクトルである重複スペクトルは,単一MS/MSランと大きなスペクトルライブラリの両方で生じる。クラスタ化タンデム質量スペクトルを用いて,多様な応用によりコンセンサススペクトルを見出した。最初に,Mascotによって実行されるように,それはデータベース検索をスピードアップする。第二に,それは種を通して新しいペプチドを同定するのに役立つ。3番目に,それを品質管理のために用いて,wgly的に注釈されたスペクトルを検出した。スペクトル間の余弦距離に基づく異なるクラスタリングアルゴリズムを比較した。キャスト,MSクラスタおよびPRIDEクラスタは,タンデム質量スペクトルをクラスタ化するための一般的アルゴリズムである。著者らは,大規模データ集合,階層的クラスタリング,DBSCAN,およびグラフの連結成分,ならびに新しい方法nクラスタのための良く知られたアルゴリズムを追加した。すべてのアルゴリズムを,様々なパラメータ設定で実際のデータで評価した。クラスタの結果を互いに比較し,純度のような検証測度に基づいてペプチドアノテーションを行った。wgly(un)-アノテーションスペクトルの検出に関する品質管理について,結果として生じるクラスタについて議論した。n-クラスタは非常に競争力があることを証明した。すべてのクラスタリング結果は,例えば,前駆体質量に関する追加情報を統合するいわゆるDISMS2フィルタから利益を得た。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アノテーション ,  *クラスタ化 ,  *質量スペクトル ,  前駆体 ,  *クラスタ ,  ペプチド ,  フィルタ ,  プロテオミクス ,  品質管理 ,  *アルゴリズム ,  *直列接続 ,  *スペクトル ,  純度 ,  タンパク質
準シソーラス用語： LC/MS/MS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (2件)： クラスタリング ,  タンデム質量スペクトル

分類 (2件)： 質量分析  (CC03013N) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： タンデム ,  質量スペクトル ,  クラスタ化 ,  アルゴリズム ,  評価