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J-GLOBAL ID：201902236929741570   整理番号：19A0494562

統合miRNA遺伝子発現解析は頭頸部扁平上皮癌における関連生物学の精密化とセツキシマブに対する反応の予測を可能にする【JST・京大機械翻訳】

Integrative miRNA-Gene Expression Analysis Enables Refinement of Associated Biology and Prediction of Response to Cetuximab in Head and Neck Squamous Cell Cancer

著者 (9件)： Cecco Loris De (Functional Genomics and Bioinformatics, Department of Experimental Oncology and Molecular Medicine, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Giannoccaro Marco (Functional Genomics and Bioinformatics, Department of Experimental Oncology and Molecular Medicine, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Marchesi Edoardo (Functional Genomics and Bioinformatics, Department of Experimental Oncology and Molecular Medicine, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Bossi Paolo (Head and Neck Medical Oncology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Favales Federica (Head and Neck Medical Oncology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Locati Laura D. (Head and Neck Medical Oncology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Licitra Lisa (Head and Neck Medical Oncology Unit, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Pilotti Silvana (Laboratory of Experimental Molecular Pathology, Department of Diagnostic Pathology and Laboratory, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy) ,  Canevari Silvana (Functional Genomics and Bioinformatics, Department of Experimental Oncology and Molecular Medicine, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan 20133, Italy)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 8  号： 1  ページ： 35  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本論文では,頭部および頚部扁平上皮癌(HNSCC)の同じサンプルの遺伝子およびmiRNA発現プロファイリングと統合miRNA-mRNA発現解析を通して,セタキシムに基づくアプローチで治療した患者における無進行生存(PFS)の候補バイオマーカーを同定することができた。まばらな部分最小二乗判別分析(sPLS-DA)と監視分析を通して,36のmiRNAを,明らかに長いおよび短いPFS患者を分離した2つの成分において同定した。遺伝子セット濃縮分析により,miRNA第一成分とEGFRシグナル伝達,ケラチン細胞分化,p53との間に有意な相関が認められた。もう一つの有意な相関が,第二成分とRAS,NOTCH,免疫/炎症反応,上皮間葉移行(EMT),および血管新生経路の間で同定された。sPLS-DA miRNAの正規化正準相関分析とMAGIA2Webツールと組み合わせた遺伝子データは,全部で245の相互作用で相互接続された16のmiRNAと84の遺伝子を強調した。平滑化t統計サポートベクトルマシンによる特徴選択の後,著者らは,発現結果がPFS(曲線の下の領域,AUC=0.992)の予測に最も関連したmiRNA遺伝子ネットワークにおける3つのmiRNAと5つの遺伝子を同定した。全体として,良く定義された臨床設定と最新のバイオインフォマティクスツールを用いて,統合miRNA-mRNA発現が予測モデルの背後にある生物学の精密化に大きく寄与できるという原理を証明することができる。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： サポートベクトルマシン ,  mRNA ,  細胞情報伝達 ,  予測モデル ,  相互作用 ,  *遺伝子 ,  バイオマーカー ,  *扁平上皮癌 ,  EGF受容体 ,  Web【情報システム】 ,  p53タンパク質
準シソーラス用語： マイクロアレイ ,  バイオインフォマティクス ,  プロファイリング ,  *マイクロRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： miRNA ,  マイクロアレイ ,  頭頚部扁平上皮癌(HNSCC) ,  セツキシマブ ,  薬剤感受性

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

引用文献 (43件)：

• Pignon, J.P.; le Maître, A.; Maillard, E.; Bourhis, J.; MACH-NC Collaborative Group. Meta-analysis of chemotherapy in head and neck cancer (MACH-NC): An update on 93 randomised trials and 17,346 patients. Radiother. Oncol. 2009, 92, 4-14.
• Fung, C.; Grandis, J.R. Emerging drugs to treat squamous cell carcinomas of the head and neck. Exp. Opin. Emerg. Drugs 2010, 15, 355-373.
• Ritchie, M.D.; Holzinger, E.R.; Li, R.; Pendergrass, S.A.; Kim, D. Methods of integrating data to uncover genotype-phenotype interactions. Nat. Rev. Genet. 2015, 16, 85-97.
• Bossi, P.; Bergamini, C.; Siano, M.; Rocca, M.C.; Sponghini, A.P.; Favales, F.; Giannoccaro, M.; Marchesi, E.; Cortelazzi, B.; Perrone, F.; et al. Functional genomics uncover the biology behind the responsiveness of head and neck squamous cell cancer patients to cetuximab. Clin. Cancer Res. 2016, 22, 3961-3970.
• De Cecco, L.; Capaia, M.; Zupo, S.; Cutrona, G.; Matis, S.; Brizzolara, A.; Orengo, A.M.; Croce, M.; Marchesi, E.; Ferrarini, M.; et al. Interleukin 21 controls mRNA and microRNA expression in CD40-activated chronic lymphocytic leukemia cells. PLoS ONE 2015, 10, e0134706.

タイトルに関連する用語 (8件)： 統合 ,  miRNA ,  遺伝子発現解析 ,  頭頸部扁平上皮癌 ,  生物学 ,  精密化 ,  セツキシマブ ,  予測