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J-GLOBAL ID：201902236933274157   整理番号：19A1561520

Intel Multiple Integrated Core(MIC)アーキテクチャにおけるモチーフ発見の効率的計算【JST・京大機械翻訳】

Efficient computation of motif discovery on Intel Many Integrated Core (MIC) Architecture

著者 (13件)： Peng Shaoliang (College of Computer Science and Electronic Engineering & National Supercomputing Centre in Changsha, Hunan University, Changsha, China) ,  Peng Shaoliang (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Cheng Minxia (College of Computer Science and Electronic Engineering & National Supercomputing Centre in Changsha, Hunan University, Changsha, China) ,  Huang Kaiwen (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Cui YingBo (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Zhang Zhiqiang (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Guo Runxin (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Zhang Xiaoyu (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Yang Shunyun (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Liao Xiangke (School of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha, China) ,  Lu Yutong (National Supercomputer Center in Guangzhou, Guangzhou, China) ,  Zou Quan (School of Computer Science and Technology, Tianjin University, Tianjin, China) ,  Shi Benyun (School of Cyberspace, Hangzhou Dianzi University, Hangzhou, China)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 19  号： 9  ページ： 185  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 新しい配列モチーフ検出は,計算生物学においてますます重要になっている。しかしながら,高い計算コストは,ほとんどのモチーフ発見アルゴリズムの効率を大いに制約する。本論文において,著者らは,Intel Mall Integrated Core(MIC)アーキテクチャをターゲットとしたMEMEアルゴリズムを加速して,ハイブリッドCPU/MICコンピューティングフレームワークに基づくMIC-MEMEベースと呼ばれるMEMEの並列実行を提示した。著者らの方法は,出発点探索法を並列化して,アルゴリズムの反復更新戦略を改善することに焦点を合わせた。MIC-MEMEは,ZOOPSモデルに対して26.6の有意なスピードアップを達成し,2つのXeon Phi3120コプロセッサによる実験プラットフォーム上でベンチマークしたとき,全体の実行時間に対して平均で30.2を達成した。さらに,MIC-MEMEを最新の方法と比較し,データセットサイズとMICs数に関して良好なスケーラビリティを示した。ソースコード:https://github.com/hkwkevin28/MIC-MEME。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデル ,  コプロセッサ ,  *計算機アーキテクチャ ,  アルゴリズム ,  ベンチマーク
準シソーラス用語： ソースコード ,  実行時間 ,  探索法 ,  計算コスト ,  計算生物学 ,  *モチーフ発見 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： MIC ,  MEME ,  モチーフ発見 ,  オフロードモード

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (26件)：

• BMC Bioinformatics; A survey of DNA motif finding algorithms; MK Das, HK Dai; 8; Suppl 7(7); 2007; S21; 10.1186/1471-2105-8-S7-S21; citation_id=CR1
• Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol; Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers; TL Bailey, C Elkan, TL Bailey, C Elkan; 2; 1994; 28-36; citation_id=CR2
• Nucleic Acids Res; MEME: discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs; TL Bailey, N Williams, C Misleh, WW Li; 34; Web Server issue; 2006; 369-373; 10.1093/nar/gkl198; citation_id=CR3
• Nucleic Acids Res; Limitations and potentials of current motif discovery algorithms; J Hu, B Li, D Kihara; volume 33; 33; 2005; 4899-4913; 10.1093/nar/gki791; citation_id=CR4
• Massively Parallelized DNA Motif Search on FPGA: InTech; 2011; CR5; Y Farouk, T Eldeeb, citation_author=H Faheem

タイトルに関連する用語 (4件)： MIC ,  アーキテクチャ ,  モチーフ発見 ,  計算