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J-GLOBAL ID：201902238410420280   整理番号：19A0494601

SCRNASEQDB ヒト単一細胞におけるRNA-seqに基づく遺伝子発現プロファイルのデータベース【JST・京大機械翻訳】

scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells

著者 (6件)： Cao Yuan (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Zhu Junjie (Department of Electrical Engineering, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA) ,  Jia Peilin (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Zhao Zhongming (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Zhao Zhongming (Human Genetics Center, School of Public Health, The University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Zhao Zhongming (Department of Biomedical Informatics, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, TN 37203, USA)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 8  号： 12  ページ： 368  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一細胞RNA配列決定(scRNA-Seq)は,細胞状態および単一細胞レベルでの動力学のハイスループットトランスクリプトーム解析のための強力なツールになっている。scRNA-Seqデータセットの数と質の両方が最近劇的に増加した。ヒトにおけるscRNA-Seqデータの発現特徴を包括的に収集し,比較することができるデータベースはまだ構築されていない。ここでは,200個のヒト細胞系または細胞型と13440個の試料をカバーする,ほとんど全ての現在利用可能なヒト単一細胞トランスクリプトームデータセット(n=38)を含むデータベース,scRNASeqDBを示した。著者らのオンラインWebインタフェースは,ユーザが異なる細胞タイプにわたって関心のある遺伝子の発現プロファイルをランク付けすることを可能にする。それは,細胞型または群間の異なる発現遺伝子に対する遺伝子オントロジーおよび経路アノテーションを含むデータを質問し,可視化するツールも提供する。scRNASeqDBは単一細胞転写研究のための有用な資源である。このデータベースは,生物学的に利用可能である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 等級づけ ,  *ヒト ,  *RNA【核酸】 ,  アノテーション ,  *データベース ,  *遺伝子 ,  可視化
準シソーラス用語： 遺伝子オントロジー ,  細胞型 ,  scRNA ,  トランスクリプトーム解析 ,  ハイスループット ,  *遺伝子発現プロファイリング ,  *RNA-seq ,  *単一細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 単一細胞 ,  RNAシークエンシング ,  データベース ,  発現プロファイル ,  細胞型 ,  異なる発現

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

引用文献 (41件)：

• Linnarsson, S.; Teichmann, S.A. Single-cell genomics: Coming of age. Genome Biol. 2016, 17, 97.
• Shalek, A.K.; Satija, R.; Adiconis, X.; Gertner, R.S.; Gaublomme, J.T.; Raychowdhury, R.; Schwartz, S.; Yosef, N.; Malboeuf, C.; Lu, D.; et al. Single-cell transcriptomics reveals bimodality in expression and splicing in immune cells. Nature 2013, 498, 236-240.
• Dixit, A.; Parnas, O.; Li, B.; Chen, J.; Fulco, C.P.; Jerby-Arnon, L.; Marjanovic, N.D.; Dionne, D.; Burks, T.; Raychowdhury, R.; et al. Perturb-Seq: Dissecting molecular circuits with scalable single-cell RNA profiling of pooled genetic screens. Cell 2016, 167, 1853.e17-1866.e17.
• Achim, K.; Pettit, J.-B.; Saraiva, L.R.; Gavriouchkina, D.; Larsson, T.; Arendt, D.; Marioni, J.C. High-throughput spatial mapping of single-cell RNA-seq data to tissue of origin. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 503-509.
• Yu, Y.; Tsang, J.C.H.; Wang, C.; Clare, S.; Wang, J.; Chen, X.; Brandt, C.; Kane, L.; Campos, L.S.; Lu, L.; et al. Single-cell RNA-seq identifies a PD-1(hi) ILC progenitor and defines its development pathway. Nature 2016, 539, 102-106.

タイトルに関連する用語 (5件)： ヒト ,  単一細胞 ,  RNA-seq ,  遺伝子発現プロファイル ,  データベース