文献

J-GLOBAL ID：201902238761659833   整理番号：19A1905998

ONPLSに基づくマルチブロックデータ統合:喘息における生物学的相互作用の相互作用への多変量アプローチ【JST・京大機械翻訳】

OnPLS-Based Multi-Block Data Integration: A Multivariate Approach to Interrogating Biological Interactions in Asthma

著者 (19件)： Reinke Stacey N. (Division of Physiological Chemistry 2, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institute, Sweden) ,  Reinke Stacey N. (Centre for Integrative Metabolomics and Computational Biology, School of Science, Edith Cowan University, Australia) ,  Galindo-Prieto Beatriz (Computational Life Science Cluster, Department of Chemistry (KBC), Umea University) ,  Galindo-Prieto Beatriz (Industrial Doctoral School (IDS), Umea University) ,  Galindo-Prieto Beatriz (Department of Engineering Cybernetics (ITK), Norwegian University of Science and Technology (NTNU), Norway) ,  Skotare Tomas (Computational Life Science Cluster, Department of Chemistry (KBC), Umea University) ,  Broadhurst David I. (Centre for Integrative Metabolomics and Computational Biology, School of Science, Edith Cowan University, Australia) ,  Singhania Akul (Clinical and Experimental Sciences, University of Southampton Faculty of Medicine, Southampton University Hospital) ,  Singhania Akul (Laboratory of Immunoregulation and Infection, The Francis Crick Institute, U.K.) ,  Horowitz Daniel (Janssen Pharmaceutical Companies of Johnson & Johnson, Pennsylvania, United States) ,  Djukanovic Ratko (Clinical and Experimental Sciences, University of Southampton Faculty of Medicine, Southampton University Hospital) ,  Djukanovic Ratko (NIHR Southampton Respiratory Biomedical Research Unit, Southampton University Hospital) ,  Hinks Timothy S.C. (Clinical and Experimental Sciences, University of Southampton Faculty of Medicine, Southampton University Hospital) ,  Hinks Timothy S.C. (NIHR Southampton Respiratory Biomedical Research Unit, Southampton University Hospital) ,  Hinks Timothy S.C. (NIHR Oxford Biomedical Research Centre/Respiratory Medicine Unit, NDM Experimental Medicine, University of Oxford, U.K.) ,  Geladi Paul (Forest Biomass and Technology, Swedish University of Agricultural Sciences, Sweden) ,  Trygg Johan (Computational Life Science Cluster, Department of Chemistry (KBC), Umea University) ,  Wheelock Craig E. (Division of Physiological Chemistry 2, Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institute, Sweden) ,  Wheelock Craig E. (Gunma University Initiative for Advanced Research (GIAR), Gunma University, Japan)
資料名： Analytical Chemistry  (Analytical Chemistry)
巻： 90  号： 22  ページ： 13400-13408  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0395A  ISSN： 0003-2700  CODEN： ANCHAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 複数のデータの統合は,包括的なシステム生物学の可能性を満たす上で重要な課題である。潜在構造への多重ブロック直交射影(OnPLS)は,複数のデータ行列を同時にモデル化する射影法であり,事前の生物学的知識に頼ることなく特徴空間を低減する。OnPLSモデルの解釈可能性を改善するために,直交射影(MB-VIOP)法に及ぼす関連マルチブロック変数影響を用いて,モデルへの最も高い寄与を有する変数を同定した。本研究は,喘息コホートからの22人の個人のサブセットを用いて,典型的なマルチオミクス研究を調べるために,OnPLSとMB-VIOPを相互作用可視化法と組み合わせた。6つのデータブロックにおける結合データ構造を評価した。メタボロミクス;スフィンゴ脂質,オキシリピン及び脂肪酸の標的分析;および肺機能,免疫細胞分化およびサイトカインを含む臨床ブロック。モデルは7つの構成要素を同定し,そのうちの2つはすべてのブロック(全体的に結合した構造)からの寄与を有し,5つは2つから5つのブロック(局所的結合構造)への寄与を持っていた。成分1と2は最も有益で,健常対照と喘息と疾患性相互作用の間の差を同定した。MB-VIOPにより選択された特徴間の相互作用を,コードプロットを用いて可視化し,喘息疾患の病因,喘息治療の効果,および非特性化遺伝子の生物学的役割に関する新しい洞察を得た。例えば,骨粗鬆症に関与する遺伝子ATP6 V1G1は,吸入コルチコイドステロイド(ICS)により調節される代謝産物と相関し,ICSを摂取する喘息患者における骨密度損失の基礎となる機構への洞察を提供する。これらの結果は,MB-VIOP変数選択および相互作用可視化技術と組み合わせたOnPLSの可能性を示し,多重研究および生物学的生物学からの仮説を生成した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： サイトカイン ,  脂肪酸 ,  可視化 ,  母集団 ,  代謝産物 ,  キャラクタリゼーション ,  部分集合 ,  モデリング ,  *喘息 ,  病因 ,  多重化 ,  遺伝子 ,  治療法 ,  射影
準シソーラス用語： メタボロミクス , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  生物物理的研究法  (EA03020V) ,  有機化合物の各種分析  (CC08034J) ,  質量分析  (CC03013N)

タイトルに関連する用語 (6件)： マルチ ,  データ統合 ,  喘息 ,  生物学的相互作用 ,  相互作用 ,  多変量