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J-GLOBAL ID：201902239092257346   整理番号：19A1968684

14 着床前遺伝子検査(PGT-A)ライブラリー作成のための完全自動化装置【JST・京大機械翻訳】

14. A FULLY AUTOMATED INSTRUMENT FOR PREIMPLANTATION GENETIC TESTING (PGT-A) LIBRARY PREPARATION

著者 (6件)： Schneider L. (Brown University, Providence, RI, USA, United States) ,  Cui F. (Brown University, Providence, RI, USA, United States) ,  Brodsky A. (Brown University, Providence, RI, USA, United States) ,  Fraser M. (PerkinElmer Health Sciences (Australia), Adelaide, South Australia, Australia) ,  Toloue M. (Applied Genomics PerkinElmer, Hopkinton, MA, USA, United States) ,  Tripathi A. (Brown University, Providence, RI, USA, United States)
資料名： Reproductive BioMedicine Online  (Reproductive BioMedicine Online)
巻： 39  号： S1  ページ： e35  発行年： 2019年 
JST資料番号： W3229A  ISSN： 1472-6483  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異数体(PGT-A)の着床前遺伝子検査に用いられる技術は,1990年の導入以来急速に進化した。最も一般的に使用される方法は,完全なゲノム解析のためにNext世代配列(NGS)を使用する。1つの例はPG-Seqキット(PerkinElmer)であり,それは胚生検細胞のサンプルから始まり,DNAライブラリー配列の完全な分析で終わる。NGS試料調製は,面倒で,手にかかり,時間集中的なプロセスである。PG-Seqキットワークフローのライブラリー作成を行うための完全自動化マイクロ流体プラットフォームを開発した。この装置は「ハンド」時間を短縮する。それはまた,すべての手動のピペット操作を除去することを通してDNAライブラリー調製を標準化し,NGSランの間でさえ試料調製の間の正確で一貫した結果を確実にすることを助ける。本研究の主目的は,NGSのためのPG-Seqキットで使用されるように,単一試料ライブラリー調製のための特別に設計された自動化装置の性能を実証することであった。BIOO科学(PerkinElmer社)からのNEXTFLEX Rapid XP DNA-Seqキットを用いて,このプラットフォームを最適化した。この分析の3つの主な構成要素は,(1)断片化,末端修復とアデニル化,(2)付加的な結紮,(3)PCR増幅である。入力DNAの酵素断片化は,この段階が全ゲノム増幅後のPG-Seqキットに必要であるので,このアッセイの重要な成分である。この特異的研究で用いた代表的な入力DNAは,New イングランド BiolabsからのLambda DNAの180ngであった。また,このキットを,対照として完全に手動の調製を用いてオフデバイスで試験し,オンデバイスおよびオフデバイスサンプルの両方を,DNAライブラリー濃度,純度およびサイズ分析のためにNanoDrop1000分光光度計およびAgilentバイオアナライザ2100(DNA1000キット)を用いて評価した。装置を用いて調製したDNAライブラリーの全収率は,オフデバイスの約50%,手動試験であった。より具体的には,オフデバイス,手動試験は20μL試料において739.1±44.8ngのDNAをもたらし,一方,最も最近のオンデバイス試験は20μL試料において415.1±54.1ngのDNAを生産した。これらのライブラリーの平均フラグメントサイズは300~400塩基対の間にあった。この装置でこの分析を行うことはさらに最適化されるので,このライブラリー収率は増加すると予想される。さらに,本研究では,装置を開始する前に,NEXTFLEX Rapid XP DNA-Seqキットを約2.5時間から30分以内に運転するために必要な時間に対する処理時間の有意な減少を示した。この装置は追加のDNA-Seqキットに対しても最適化され,発射されると柔軟な自動化システムを提供するより多くのプロトコルに適合する。全体として,この装置はPG-Seqキットライブラリー調製を自動化するNGS試料ライブラリー調製のためのハンドフリー装置である。時間において,この技術はPG-Seq W正孔 Genome Amplificationと結合し,ルーチンのPGT-Aに用いることができる完全自動化システムを提供する。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 酵素 ,  最適化 ,  高速度 ,  プロトコル ,  *着床 ,  PCR法 ,  *自動化 ,  生検 ,  試料調製 ,  標準化 ,  DNA【核酸】 ,  異数体
準シソーラス用語： 全ゲノム増幅 ,  DNAライブラリー ,  *遺伝子検査 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 自動化 ,  DNAシークエンシング ,  PG-seq

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  先天性疾患・奇形一般  (GD03010V) ,  遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 着床 ,  遺伝子検査 ,  PGT ,  ライブラリー ,  完全自動化