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J-GLOBAL ID：201902239336190991   整理番号：19A1883655

ハイブリッド分子シミュレーションにより研究したG蛋白質共役受容体ロドプシンの光活性化中間体【JST・京大機械翻訳】

Photoactivation Intermediates of a G-Protein Coupled Receptor Rhodopsin Investigated by a Hybrid Molecular Simulation

著者 (2件)： Kamiya Motoshi (Department of Chemistry, Graduate School of Science, Kyoto University, Japan) ,  Hayashi Shigehiko (Department of Chemistry, Graduate School of Science, Kyoto University, Japan)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 15  ページ： 3842-3852  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ロドプシンは,網膜プロトン化Schiff塩基発色団の共有結合リガンドの光活性化を介して,視覚のための光受容体として機能するG蛋白質共役受容体である。受容体の不活性化及び活性化型に関する構造情報の利用可能性にもかかわらず,光吸収により開始された遷移過程は良く理解されていない。ここでは,分子動力学(MD)シミュレーションとab initio量子力学/分子力学(QM/MM)自由エネルギー幾何学最適化により光活性化過程を理論的に調べ,蛋白質の十分な統計的立体配座試料における配位子分子の正確な幾何学的決定を可能にした。活性化過程の中間状態,青方偏移中間体およびLUMIの構造,ならびに,最初にMDシミュレーションにより生成された暗状態およびQM/MM自由エネルギー幾何学最適化により精製された,をプロトン化Schiff塩基の水素結合の変化と共に,網膜のβ-イオノン環の大きな置換により特性化した。これらの状態の振動及び電子分光特性のab initio計算は実験的観測を良く再現し,分光学的特徴の基礎となる分子起源を成功裏に同定した。中間体の形成における構造進化は,受容体の効率的な活性化過程への分子的洞察を提供する。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 幾何学 ,  *ロドプシン ,  立体配座 ,  最適化 ,  水素結合 ,  不活性化 ,  発色団 ,  *シミュレーション ,  *中間体 ,  キャラクタリゼーション ,  自由エネルギー ,  プロトン化
準シソーラス用語： 第一原理計算 ,  暗状態 ,  *光活性化 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  ビタミンA  (EB07020A)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子シミュレーション ,  研究 ,  G蛋白質共役受容体 ,  ロドプシン ,  光活性化 ,  中間体