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J-GLOBAL ID：201902239464496651   整理番号：19A1407893

ドッキングと分子動力学解析によるP2Y1受容体リガンド認識の解明【JST・京大機械翻訳】

Demystifying P2Y₁ Receptor Ligand Recognition through Docking and Molecular Dynamics Analyses

著者 (4件)： Ciancetta Antonella (Molecular Recognition Section, Laboratory of Bioorganic Chemistry, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, National Institutes of Health, Maryland, United States) ,  O’Connor Robert D. (Molecular Recognition Section, Laboratory of Bioorganic Chemistry, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, National Institutes of Health, Maryland, United States) ,  Paoletta Silvia (Molecular Recognition Section, Laboratory of Bioorganic Chemistry, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, National Institutes of Health, Maryland, United States) ,  Jacobson Kenneth A. (Molecular Recognition Section, Laboratory of Bioorganic Chemistry, National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases, National Institutes of Health, Maryland, United States)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 57  号： 12  ページ： 3104-3123  発行年： 2017年12月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは,最近解明されたhP2Y_1R構造を用いて,P_2Y_1R結合剤として以前に報告された100ヌクレオチド様ビスリン酸エステルおよび46非ヌクレオチドアリール尿素誘導体の分子モデリング解析を行った。最初に,X線構造で化合物をドッキングし,構造活性相関(SAR)における重要なパターンを強調する代表的化合物の結合モードを同定した。続いて,選択した重要なアゴニスト(2MeSADPとMRS2268)と拮抗剤(MRS2500とBPTU)を膜分子動力学(MD)シミュレーション(少なくとも200ns,配位子系当たり0.6~1.6μs),ヌクレオチドの代替プロトン化状態を考慮して受容体複合体を行った。利用可能な部位特異的変異誘発(SDM)データおよびP2Y_1Rアポ状態シミュレーションとリガンド-蛋白質相互作用パターンの時間的進化を比較すると,更なるSAR洞察を提供し,ヌクレオチドリガンドに対する最も関連した荷電種と同様に結合親和性の損失/獲得に対する合理的説明を示唆した。MD解析により,受容体不活性状態に必要な局所立体配座変化も予測し,ヌクレオチド作動薬に適応した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 複合体 ,  ヌクレオチド ,  構造活性相関 ,  部位特異的変異誘発 ,  配座転移 ,  *分子動力学 ,  プロトン化 ,  電荷 ,  *受容体 ,  シミュレーション
準シソーラス用語： アンタゴニスト ,  アゴニスト ,  X線構造 ,  分子モデリング ,  *リガンド認識 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  薬物の構造活性相関  (GV01050B)

タイトルに関連する用語 (5件)： ドッキング ,  分子動力学 ,  解析 ,  P2Y1受容体 ,  リガンド認識