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J-GLOBAL ID：201902240005384904   整理番号：19A0659979

摂動距離拘束を用いた可逆的蛋白質-蛋白質結合のシミュレーションと結合自由エネルギーの計算【JST・京大機械翻訳】

Simulation of Reversible Protein-Protein Binding and Calculation of Binding Free Energies Using Perturbed Distance Restraints

著者 (2件)： Perthold Jan Walther (Institute for Molecular Modeling and Simulation, Department for Material Sciences and Process Engineering, University of Natural Resources and Life Sciences (BOKU) Vienna, Austria) ,  Oostenbrink Chris (Institute for Molecular Modeling and Simulation, Department for Material Sciences and Process Engineering, University of Natural Resources and Life Sciences (BOKU) Vienna, Austria)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 11  ページ： 5697-5708  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 実質的に全ての生物学的過程は,ある点で蛋白質間の相互作用に依存する。生体分子結合自由エネルギーの正しい予測は,基礎的および応用された医薬研究の両方において多くの興味ある応用を有する。分子動力学(MD)シミュレーションの分野における最近の進歩は蛋白質-蛋白質結合自由エネルギーの計算の実行可能性を証明しているが,蛋白質の大きな立体配座自由度と結合過程の複雑な自由エネルギー景観はそのような計算を困難な仕事にしている。さらに,得られた自由エネルギー値の収束と可逆性はほとんど記述されていない。本研究では,摂動距離制約を用いた標準状態の蛋白質-蛋白質結合自由エネルギーの計算のための使用が容易であるが,ロバストなアプローチについて述べた。結合過程において,蛋白質の立体配座は以前に示唆されたように抑制された。立体配座拘束の放出に関する末端状態問題を避けるための2つのアプローチを比較した。この方法を,ユビキチンの小モデル複合体及びヒトDNAポリメラーゼ(UBM2)の非常に柔軟なユビキチン結合ドメインへの実用的応用により評価した。全ての計算した自由エネルギー差は,収束に対して密接にモニターされ,計算された結合自由エネルギーは,実験値から1.4または2.5kJ mol-1の平均非符号偏差を有していた。統計誤差推定値は熱雑音の順であった。提示した方法は,蛋白質-蛋白質および種々の他の種類の複合体形成を定量的に記述するための広い適用性に対して有望な可能性を有すると結論した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 可逆性 ,  *摂動 ,  ユビキチン ,  ロバスト性 ,  *自由エネルギー ,  複合体 ,  *シミュレーション ,  結合部位 ,  ヒト ,  *タンパク質結合 ,  推定量 ,  *タンパク質 ,  立体配座
準シソーラス用語： 生体分子 ,  *結合自由エネルギー , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (7件)： 摂動 ,  拘束 ,  蛋白質 ,  蛋白質結合 ,  シミュレーション ,  結合自由エネルギー ,  計算