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J-GLOBAL ID：201902240725401880   整理番号：19A1884090

プロパンジオール細菌微小区画シェルを通る選択的代謝産物輸送の分子動力学シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

Molecular Dynamics Simulations of Selective Metabolite Transport across the Propanediol Bacterial Microcompartment Shell

著者 (7件)： Park Jiyong (Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, Los Angeles, California, United States) ,  Chun Sunny (Molecular Biology Institute, University of California, Los Angeles, California, United States) ,  Bobik Thomas A. (Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biophysics, and Molecular Biology, Iowa State University, Iowa, United States) ,  Houk Kendall N. (Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, Los Angeles, California, United States) ,  Yeates Todd O. (Department of Chemistry and Biochemistry, University of California, Los Angeles, California, United States) ,  Yeates Todd O. (Molecular Biology Institute, University of California, Los Angeles, California, United States) ,  Yeates Todd O. (UCLA-DOE Institute for Genomics and Proteomics, California, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 34  ページ： 8149-8154  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細菌ミクロコンパートメントは,多様な細菌において特別な代謝経路をカプセル化する巨大な蛋白質に基づくオルガネラである。構造的および遺伝的研究は,代謝基質がシェル蛋白質の六量体集合体における中心孔を通過することによりこれらのマイクロコンパートメントに入ることを示す。ミクロコンパートメント内で生成された毒性代謝中間体の逃避を制限することは,宿主生物に対する選択的利点を与えるであろう。ここでは,マイクロコンパートメントシェルを横切る小分子輸送を解析するための最初の分子動力学(MD)シミュレーション研究を報告する。PduAは,毒性アルデヒド中間体,プロピオンアルデヒドを介して1,2-プロパンジオールを代謝する細菌マイクロコンパートメントにおける主要なシェル蛋白質である。メタ動力学とレプリカ交換アンブレラサンプリングの両方を用いて,PduA六量体の細孔がマイクロコンパートメント内で生成された毒性プロピオンアルデヒドと比較してプロパンジオール基質の通過に対してより低いエネルギー障壁を有することを見出した。エネルギー効果は,より自由に透過性のプロパンジオールに対してプロピオンアルデヒドと水素結合を形成するために,収縮点で細孔に突出するセリン側鎖のより低い容量と一致した。結果は,新しい生物学的状況における分子拡散と輸送の重要性を強調した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  *分子動力学 ,  タンパク質 ,  細孔 ,  側鎖 ,  基質 ,  水素結合 ,  *代謝 ,  *細菌 ,  アルデヒド ,  *ジオール ,  オルガネラ ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族アルコール ,  脂肪族カルボン酸 ,  アミノアルコール ,  ヒドロキシ酸 ,  アルカン ,  脂肪族アルデヒド
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (3件)： セリン ,  プロパン ,  プロピオンアルデヒド

タイトルに関連する用語 (8件)： プロパンジオール ,  細菌 ,  微小 ,  区画 ,  シェル ,  代謝産物 ,  輸送 ,  分子動力学シミュレーション