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J-GLOBAL ID：201902240914676799   整理番号：19A1651525

ナマズ(Ictalurus punctatus)における成長および性関連形質のための高密度連鎖地図およびQTL微細マッピングの構築【JST・京大機械翻訳】

Construction of a High-Density Linkage Map and QTL Fine Mapping for Growth- and Sex-Related Traits in Channel Catfish (Ictalurus punctatus)

著者 (25件)： Zhang Shiyong (BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Zhang Shiyong (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Zhang Shiyong (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  Zhang Xinhui (Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, BGI Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Beijing Genomics Institute, Shenzhen, China) ,  Chen Xiaohui (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Chen Xiaohui (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  Xu Tengfei (Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, BGI Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Beijing Genomics Institute, Shenzhen, China) ,  Wang Minghua (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Wang Minghua (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  Qin Qin (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Qin Qin (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  Zhong Liqiang (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Zhong Liqiang (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  Jiang Hucheng (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Jiang Hucheng (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  Zhu Xiaohua (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Liu Hongyan (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Shao Junjie (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Zhu Zhifei (BGI-Zhenjiang Institute of Hydrobiology, Zhenjiang, China) ,  Shi Qiong (BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Shi Qiong (Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, BGI Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Beijing Genomics Institute, Shenzhen, China) ,  Bian Wenji (National Genetic Breeding Center of Channel Catfish, Freshwater Fisheries Research Institute of Jiangsu Province, Nanjing, China) ,  Bian Wenji (The Jiangsu Provincial Platform for Conservation and Utilization of Agricultural Germplasm, Nanjing, China) ,  You Xinxin (BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  You Xinxin (Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, BGI Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Beijing Genomics Institute, Shenzhen, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 251  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高密度遺伝子連鎖地図は,水産養殖種における重要な経済形質と全ゲノム集合に対する微細マッピングにおいて特に重要である。北米に固有の種であるナマズ(Ictalurus punctatus)は世界で最も重要な商業淡水魚の1つである。米国の外側では,中国は過去30年間に急速な発展を経験した後に,チャネルナマズの主要な生産者と消費者になった。本研究において,制限部位関連DNA配列決定(RAD-Seq)に基づいて,チャンネルナマズの高密度遺伝子連鎖地図を,156の子孫とそれらの2つの親個体から成るF1ファミリーにおける単一ヌクレオチド多型(SNP)を用いて構築した。全部で4,768のSNPが29の連鎖群(LG)に割り当てられ,連鎖地図の長さは遺伝子座間で0.55cMの平均距離を有する2,480.25cmの器官(cM)に達した。この遺伝子連鎖地図に基づいて,223のゲノム足場を,チャンネルナマズの29のLGに固定し,704.66Mbの全長を組み立てた。量的形質遺伝子座(QTL)マッピングとゲノム全体の関連分析は,それぞれLG17とLG28における成長関連形質の性関連と6QTLの10QTLを同定した。spata2,spata5,sf3,zbtb38およびfoxを含む性二形性に関連する候補遺伝子をLG17上のQTL間隔内で同定した。LG17のzbtb38遺伝子における単純配列反復(SSR)を有する性連鎖マーカーを,チャンネルナマズにおける性の実際的検証のために検証した。したがって,LG17は性関連LGと考えられた。潜在的な増殖関連遺伝子も同定され,megf9,npffr1およびgas1のような重要な調節因子を含んでいた。単語において,著者らは,高密度の遺伝子連鎖地図を構築し,そして,この経済的に重要な硬骨魚の将来のマーカー支援選択(MAS)のための重要な遺伝資源であるチャネルナマズにおける性連鎖マーカーを開発した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝資源 ,  養殖 ,  遺伝的連鎖 ,  硬骨魚類 ,  消費者 ,  ゲノム ,  *連鎖地図 ,  チャネル ,  一塩基多型 ,  北アメリカ ,  高速度 ,  遺伝子 ,  量的形質遺伝子座
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： チャンネルキャットフィッシュ ,  連鎖地図 ,  量的形質遺伝子座(QTL) ,  成長関連遺伝子 ,  性関連マーカー

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (81件)：

• Baayen R. H. (2008). Analyzing Linguistic Data: A Practical Introduction to Statistics Using R. Cambridge: Cambridge University Press. doi: 10.1017/CBO9780511801686
• Baird N. A., Etter P. D., Atwood T. S., Currey M. C., Shiver A. L., Lewis Z. A., et al (2008). Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers. PLoS One 3:e3376. doi: 10.1371/journal.pone.0003376
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• Bechtold D. A., Luckman S. M. (2007). The role of RFamide peptides in feeding. J. Endocrinol. 192 3-15. doi: 10.1677/JOE-06-0069
• Blech-Hermoni Y., Ladd A. N. (2015). Identification of transcripts regulated by CUG-BP, Elav-like family member 1 (CELF1) in primary embryonic cardiomyocytes by RNA-seq. Genom Data 6 74-76. doi: 10.1016/j.gdata.2015.08.014

タイトルに関連する用語 (9件)： ナマズ ,  成長 ,  性 ,  形質 ,  高密度 ,  連鎖地図 ,  QTL ,  微細マッピング ,  構築