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J-GLOBAL ID：201902241110202285   整理番号：19A2761491

整合トランスクリプトーム由来の系統発生は乳癌脳転移における細胞集団の進化と摂動経路の時間的順序を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Phylogenies Derived from Matched Transcriptome Reveal the Evolution of Cell Populations and Temporal Order of Perturbed Pathways in Breast Cancer Brain Metastases

著者 (8件)： Tao Yifeng (Computational Biology Department, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA) ,  Tao Yifeng (Joint Carnegie Mellon-University of Pittsburgh Ph.D. Program in Computational Biology, Pittsburgh, PA, USA) ,  Lei Haoyun (Computational Biology Department, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA) ,  Lei Haoyun (Joint Carnegie Mellon-University of Pittsburgh Ph.D. Program in Computational Biology, Pittsburgh, PA, USA) ,  Lee Adrian V. (Department of Pharmacology and Chemical Biology, UPMC Hillman Cancer Center, Magee-Womens Research Institute, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, USA) ,  Ma Jian (Computational Biology Department, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA) ,  Schwartz Russell (Computational Biology Department, School of Computer Science, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA) ,  Schwartz Russell (Department of Biological Sciences, Carnegie Mellon University, Pittsburgh, PA, USA)
資料名： Lecture Notes in Computer Science  (Lecture Notes in Computer Science)
巻： 11826  ページ： 3-28  発行年： 2019年 
JST資料番号： H0078D  ISSN： 0302-9743  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転移は,癌が死亡率をもたらす機構であり,現在,それが起こると信頼できる治療選択肢がなく,転移過程を新しい診断と治療のための重要な標的にする。しかし,転移が出現する前に転移を治療することは,部分的には,転移がおそらく出現した原発腫瘍から非常に異なる可能性があるためである。癌発生の系統発生研究により,進行段階における腫瘍ゲノミクスの変化は,進行の後期段階が原発腫瘍において稀なクローン集団の選択あるいは選択から誘導される可能性があるため,クローン細胞集団の豊富さのシフトから生じることが示唆されている。本研究では,これらの過程が進行中のゲノムの特徴の平均変化にどのように影響するかを再構築するために,経路レベルの発現特徴のデコンボリューションとクローン系統発生再構成を介してクローンの不均一性と時間的動態を推定するための計算法を開発した。著者らは,マッチした乳房原発腫瘍と転移性サンプルの収集における遺伝子発現の研究への応用を通して,この方法が転移性転移を通して粗粒サブ構造と間質浸潤を推論できることを示す。結果は,ErbBシグナル伝達経路の獲得のような転移で観察されたゲノム変化は,クローン進化の初期イベントにより生じ,転移におけるマイナークローン集団の拡大(アルゴリズム詳細,パラメータ設定,およびhttps://github.com/CMUSchwartzLab/BrM-Phyloで利用できるソースコードを用いたAppendixに提供される)を示唆する。Copyright 2019 Springer Nature Switzerland AG Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 再構成 ,  *乳房腫瘍 ,  *系統発生 ,  *トランスクリプトーム ,  ゲノム ,  クローン ,  アルゴリズム ,  腫瘍 ,  デコンボリューション ,  遺伝子発現 ,  遺伝子
準シソーラス用語： *脳転移 ,  転移性 ,  ゲノミクス ,  原発癌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 乳癌 ,  脳転移 ,  系統学 ,  デコンボリューション ,  経路 ,  遺伝子モジュール

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (9件)： 整合 ,  トランスクリプトーム ,  系統発生 ,  乳癌脳転移 ,  細胞集団 ,  進化 ,  摂動 ,  経路 ,  順序