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J-GLOBAL ID：201902241603875223   整理番号：19A2755667

統合バイオインフォマティクス解析による褐色細胞腫における異常メチル化パターンを示す特異的発現遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

The Identification of Differentially Expressed Genes Showing Aberrant Methylation Patterns in Pheochromocytoma by Integrated Bioinformatics Analysis

著者 (9件)： Lin Dengqiang (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Lin Jinglai (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Li Xiaoxia (Department of Radiology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Zhang Jianping (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Lai Peng (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Mao Zhifeng (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Zhang Li (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China) ,  Zhu Yu (Department of Urology, Ruijin Hospital, Medical School of Shanghai Jiaotong University, Shanghai, China) ,  Liu Yujun (Department of Urology, Xiamen Hospital of Zhongshan Hospital, Fudan University, Xiamen, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 1181  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 悪性褐色細胞腫(PHEO)は転移巣が発生すると完全に診断できる。しかし,この時点では,患者は従来の治療法からほとんど利益を得ていない。メチル化はPHEOの病因において重要な役割を果たす。本研究の目的は,PHEOにおける異常なメチル化パターンを示す特異的に発現した遺伝子(DEG)を同定するために統合生物情報学分析を使用し,したがってこの条件の下にある分子機構のさらなる理解を提供することであった。遺伝子発現マイクロアレイデータ(GSE19422)を遺伝子メチル化マイクロアレイデータ(GSE43293)と組み合わせるために,Rソフトウェア(バージョン3.6)を用いて,異常にメチル化されたDEGを最初に同定した。次に,オンラインバイオインフォマティクスデータベース(DAVID)を用いて,異常メチル化を示すすべての重複するDEGを同定した。これらを注釈し,遺伝子オントロジー(GO)分析により機能的濃縮を確認した。次に,オンラインSTRINGツールを用いて,異常メチル化を示すすべての重複DEG間の相互作用を分析した。次に,これらの結果をCytosscape(バージョン3.61)によって可視化した。次に,Cytosscape内のサイトHubba plugを用いて,トップ10のハブ遺伝子を同定し,これらが癌に関連する経路において主に濃縮されていることを見出した。癌ゲノム地図(TCGA)に対する参照は,著者らの結果をさらに確認し,さらに上方制御された低メチル化遺伝子(SCN2A)と下方制御された高メチル化遺伝子(KCNQ1)を同定した。ロジスティック回帰分析と受信者動作特性(ROC)曲線分析は,KCNQ1とSCN2Aが良性と悪性PHEOの間の有望な鑑別診断バイオマーカーを表すことを示した。最後に,臨床データは,術前と手術後1日目の間で比較したとき,カリウムとナトリウムの濃度に有意差があることを示した。これらは,カリウムとナトリウムチャンネルをそれぞれコードするKCNQ1とSCN2Aが,PHEOの診断と予後のための推定診断標的として役立つ可能性があり,従って,PHEOの臨床管理を容易にすることを示唆する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： DNAマイクロアレイ ,  *メチル化 ,  カリウム ,  病因 ,  相互作用 ,  遺伝子発現 ,  予後 ,  *遺伝子 ,  バイオマーカー ,  治療法 ,  鑑別診断 ,  可視化 ,  ナトリウム ,  ソフトウェア ,  ヒト
準シソーラス用語： オンライン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 褐色細胞腫 ,  バイオインフォマティクス ,  発現 ,  メチル化 ,  KCNQ1 ,  SCN2A

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (48件)：

• Astuti D., Latif F., Dallol A., Dahia P. L., Douglas F., George E. (2001). Gene mutations in the succinate dehydrogenase subunit SDHB cause susceptibility to familial pheochromocytoma and to familial paraganglioma. Am. J. Hum. Genet. 69, 49-54. doi: doi: 10.1086/321282
• Baysal B. E., Ferrell R. E., Willett-Brozick J. E., Lawrence E. C., Myssiorek D., Bosch A. (2000). Mutations in SDHD, a mitochondrial complex II gene, in hereditary paraganglioma. Science 287, 848-851. doi: doi: 10.1126/science.287.5454.848
• Burnichon N., Briere J. J., Libe R., Vescovo L., Riviere J., Tissier F. (2010). SDHA is a tumor suppressor gene causing paraganglioma. Hum. Mol. Genet. 19, 3011-3020. doi: doi: 10.1093/hmg/ddq206
• Castro-Vega L. J., Buffet A., De Cubas A. A., Cascon A., Menara M., Khalifa E. (2014). Germline mutations in FH confer predisposition to malignant pheochromocytomas and paragangliomas. Hum. Mol. Genet. 23, 2440-2446. doi: doi: 10.1093/hmg/ddt639
• Cherfils J., Zeghouf M. (2013). Regulation of small GTPases by GEFs, GAPs, and GDIs. Physiol. Rev. 93, 269-309. doi: doi: 10.1152/physrev.00003.2012

タイトルに関連する用語 (7件)： 統合 ,  バイオインフォマティクス解析 ,  褐色細胞腫 ,  異常メチル化 ,  発現 ,  遺伝子 ,  同定