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J-GLOBAL ID：201902243404265472   整理番号：19A0659891

カルボン酸有効半径の修正による一定pH-REMDシミュレーションの精度の改善【JST・京大機械翻訳】

Improved Accuracy for Constant pH-REMD Simulations through Modification of Carboxylate Effective Radii

著者 (3件)： Yeager Andrew V. (Department of Chemistry, Truman State University, Missouri, United States) ,  Swails Jason M. (Department of Chemistry and Chemical Biology and BioMaPS Institute, Rutgers University, New Jersey, United States) ,  Miller Bill R. III (Department of Chemistry, Truman State University, Missouri, United States)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 10  ページ： 4624-4635  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 特定の溶液pH条件下で生体分子をシミュレートするための計算モデルの精度は,生物学的プロセスにおけるpHの影響を適切に表現するために重要である。AMBERソフトウェアを用いた陰的溶媒を含む一定pH(CpH)シミュレーションは,ダミープロトンの存在から生じる大きな有効半径に起因するアスパラギン酸及びグルタミン酸残基のpK_a値をしばしば誤って推定する。これらの不正確さは,立体配座変化のような他の観測可能なpH依存性挙動に影響を及ぼす滴定可能な残基のサンプリングされた集合体の問題から生じる。現在の方法における系統的な過大評価を緩和するために,カルボン酸基を有する滴定可能な残留物中の原子に対する新しい半径の帰属を調べた。減少したカルボン酸半径は,ニワトリ卵白リゾチームの残留物に対する実験的に誘導されたpK_a値との一致およびぶどう球菌ヌクレアーゼ(SNase)のΔ+PHS変異体に対応し,天然様構造の実験的に記述された予想と比較して立体配座状態サンプリングを改善することを見出した。著者らのCpHシミュレーションは,これらのカルボン酸基の有効半径の減少が,陰的溶媒による立体配座とプロトン化状態サンプリングの両方の精度を損なう系統的誤差の重要な源を除去するために不可欠であることを示唆した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 滴定 ,  *カルボン酸 ,  カルボキシ基 ,  計算機シミュレーション ,  pH依存性 ,  配座転移 ,  ソフトウェア ,  陽子 ,  立体配座 ,  *シミュレーション ,  プロトン化 ,  ヌクレアーゼ
準シソーラス用語： 残基 ,  AMBER ,  生体分子 ,  *有効半径 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  アミノ酸  (CF10070V)

タイトルに関連する用語 (3件)： カルボン酸 ,  有効半径 ,  pH