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J-GLOBAL ID：201902243917335907   整理番号：19A2242033

全メタゲノムショットガン配列データの被覆率に基づくプロバイオティック種の正確で厳密な同定【JST・京大機械翻訳】

Accurate and Strict Identification of Probiotic Species Based on Coverage of Whole-Metagenome Shotgun Sequencing Data

著者 (16件)： Seol Donghyeok (C&K Genomics, Songpa-gu, South Korea) ,  Seol Donghyeok (Department of Agricultural Biotechnology and Research Institute of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Jhang So Yun (C&K Genomics, Songpa-gu, South Korea) ,  Jhang So Yun (Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Kim Hyaekang (C&K Genomics, Songpa-gu, South Korea) ,  Kim Hyaekang (Department of Agricultural Biotechnology and Research Institute of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Kim Se-Young (R&D Center, CTCBIO, Inc., Hwaseong-si, South Korea) ,  Kwak Hyo-Sun (Division of Microbiology, Ministry of Food and Drug Safety, Cheongju-si, South Korea) ,  Kim Soon Han (Division of Microbiology, Ministry of Food and Drug Safety, Cheongju-si, South Korea) ,  Lee Woojung (Division of Microbiology, Ministry of Food and Drug Safety, Cheongju-si, South Korea) ,  Park Sewook (Division of Microbiology, Ministry of Food and Drug Safety, Cheongju-si, South Korea) ,  Kim Heebal (C&K Genomics, Songpa-gu, South Korea) ,  Kim Heebal (Department of Agricultural Biotechnology and Research Institute of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Kim Heebal (Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Cho Seoae (C&K Genomics, Songpa-gu, South Korea) ,  Kwak Woori (C&K Genomics, Songpa-gu, South Korea)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 1683  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プロバイオティクス製品に存在する微生物を同定することは,製品品質管理と公衆衛生における重要な問題である。乳酸を生産する種を含む属を同定するために用いられる最も一般的な方法は,マトリックス支援レーザ脱離/イオン化-飛行時間質量分析(MALDI-TOF MS)と16S rRNA配列分析である。しかしながら,操作の高コスト,類似種間の識別の困難さ,および現在の配列決定技術の限界は,これらのツールを用いて正確な結果を得ることを困難にした。これらの問題を克服するために,様々なメタゲノム分類ツールと共に全ゲノムショットガン配列決定アプローチが開発されている。広く使われているツールはマーカー遺伝子とk-mer法を含むが,それらの必然的偽陽性(FPs)は正確な分析を妨げている。したがって,FP問題を低減し,種のより信頼できる同定を達成するために,カバーベースのパイプラインを設計した。ここで記述されたカバーベースのパイプラインは,マッピング深さに基づいて,種と比率分析の検出のためにより高い精度を示すだけでなく,配列プラットフォームにかかわらず適用できる。本研究で記述されたカバーベースのパイプラインは,現在のラベリング問題を扱う,プロバイオティック品質管理のための適切な支援を提供できると信じる。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 微生物 ,  レーザ ,  製品品質 ,  公衆衛生 ,  品質管理 ,  *被覆率 ,  *プロバイオティクス ,  脱着 ,  イオン化 ,  脂肪族アルコール ,  脂肪族カルボン酸 ,  第二アルコール ,  ヒドロキシ酸
準シソーラス用語： 誤検出 ,  *メタゲノム ,  配列解析 ,  16S rRNA ,  TOF-MS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： NGS ,  プロバイオティクス ,  乳酸菌 ,  全ゲノムショットガン配列決定 ,  カバレッジのマッピング ,  同定 ,  メタゲノミクス

分類 (2件)： 微生物検査法  (EG02020G) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

物質索引 (1件)： 乳酸

引用文献 (48件)：

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• Bailey D., Diamandis E. P., Greub G., Poutanen S. M., Christensen J. J., Kostrzew M. (2013). Use of MALDI-TOF for diagnosis of microbial infections. Clin. Chem. 59 1435-1441. doi: 10.1373/clinchem.2013.204644
• Borriss R., Chen X.-H., Rueckert C., Blom J., Becker A., Baumgarth B., et al (2011). Relationship of Bacillus amyloliquefaciens clades associated with strains DSM 7T and FZB42T: a proposal for Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens subsp. nov. and Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum subsp. nov. based on complete genome sequence comparisons. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 1786-1801. doi: 10.1099/ijs.0.023267-0

タイトルに関連する用語 (3件)： 被覆率 ,  プロバイオティック ,  同定