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J-GLOBAL ID：201902244377865821   整理番号：19A1883900

カプシド蛋白質とMS2バクテリオファージssRNA間の結合部位における水素結合の影響【JST・京大機械翻訳】

Impact of Hydrogen Bonding in the Binding Site between Capsid Protein and MS2 Bacteriophage ssRNA

著者 (10件)： Poudel Lokendra (Department of Physics and Astronomy, University of Missouri-Kansas City, Missouri, United States) ,  Twarock Reidun (Department of Mathematics and Biology and York Centre for Complex Systems Analysis, University of York, United Kingdom) ,  Steinmetz Nicole F. (Department of Biomedical Engineering, Case Western Reserve University) ,  Steinmetz Nicole F. (Department of Radiology, Case Western Reserve University) ,  Steinmetz Nicole F. (Department of Materials Science and Engineering, Case Western Reserve University) ,  Steinmetz Nicole F. (Department of Macromolecular Science and Engineering, Case Western Reserve University) ,  Steinmetz Nicole F. (Case Comprehensive Cancer Center, Division of General Medical Sciences-Oncology, Case Western Reserve University) ,  Podgornik Rudolf (Department of Theoretical Physics, J. Stefan Institute, Slovenia) ,  Podgornik Rudolf (Department of Physics, Faculty of Mathematics and Physics, University of Ljubljana, Slovenia) ,  Ching Wai-Yim (Department of Physics and Astronomy, University of Missouri-Kansas City, Missouri, United States)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 121  号： 26  ページ： 6321-6330  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： MS2は,ゲノムRNAがパッケージングシグナル仲介機構に基づくウイルス集合過程において中心的役割を果たす一本鎖RNAウイルスの良く研究された例を提示する。パッケージングシグナル(PSs)は,集合過程においてカプシド蛋白質と特異的に相互作用する中心認識モチーフ周辺で変化する複数の分散RNA配列/構造モチーフである。これらのPSsの発見と同定は生物情報学と幾何学的アプローチに基づいているが,洗練された実験プロトコルとのタンデムにおいて,コンセンサス蛋白質-RNA相互作用認識モチーフの重要な側面を中心にした大規模ab initio計算を用いてこの問題にアプローチした。DFT計算を2つの核蛋白質複合体:野生型と変異(PDB ID:1ZDHと5MSF)について行った。残基の計算された部分電荷分布およびそれらの間の水素結合(HB)の強度は,変異RNAの配列の変化により,LYS43-A~-4,ARG49-C~-13,TYR85-C~-5,およびLYS61-C~-5と同定された最強のHBsを有する正確な結合部位を位置付けることを可能にした。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *バクテリオファージ ,  変異 ,  ゲノム ,  野生型 ,  相互作用 ,  密度汎関数法 ,  タンパク質複合体 ,  電荷分布 ,  直列接続 ,  *水素結合 ,  *RNA【核酸】 ,  *結合部位 ,  *タンパク質
準シソーラス用語： 残基 ,  *カプシド蛋白質 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： カプシド蛋白質 ,  バクテリオファージ ,  結合部位 ,  水素結合