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J-GLOBAL ID：201902244532389453   整理番号：19A0491507

H1N1インフルエンザ感染後のマウス肺再生に対する摂動サブ経路の検出【JST・京大機械翻訳】

Detecting Perturbed Subpathways towards Mouse Lung Regeneration Following H1N1 Influenza Infection

著者 (5件)： Vrahatis Aristidis G. (Department of Computer Engineering and Informatics, University of Patras, Patras 26500, Greece) ,  Dimitrakopoulou Konstantina (Centre for Cancer Biomarkers CCBIO and Computational Biology Unit, Department of Informatics, University of Bergen, Bergen 5020, Norway) ,  Kanavos Andreas (Department of Computer Engineering and Informatics, University of Patras, Patras 26500, Greece) ,  Sioutas Spyros (Department of Informatics, Ionian University Corfu, Corfu 49100, Greece) ,  Tsakalidis Athanasios (Department of Computer Engineering and Informatics, University of Patras, Patras 26500, Greece)
資料名： Computation (Web)  (Computation (Web))
巻： 5  号： 2  ページ： 20  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7164A  ISSN： 2079-3197  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 予測疾患バイオマーカーの将来は,遺伝子または蛋白質または他の生物学的実体の単純なリストによりスケッチされないが,すべての基礎となる成分関係を考慮する統合された実体によりスケッチされないというシステムレベルのアプローチにより既に確立されている。この配向に向けて,初期経路に基づくアプローチは全経路相互作用トポロジーと発現データを結合したが,より標的化され,文脈特異的候補疾患バイオマーカーを提供するサブ経路(全生物経路の局所領域)にズームした最近のアプローチであった。ここでは,差別的に活性化された疾患特異的サブパスを同定するグラフベースのアルゴリズムであるPersubsの応用可能性を調べた。PersubsはマイクロアレイとRNA-Seqデータの両方に適用でき,生物学的経路のための参照としてGenesとGenomes(KEGG)データベースの京都エンシクロペジアを利用する。Persubsは,最初に,差別的に発現された遺伝子(または疾患関連遺伝子のリストを用いる)を同定し,第二段階で,開始点としてリストの各遺伝子を処理し,意味のあるサブ経路トポロジーを構築するために経路トポロジーをスキャンする。ここでは,H1N1インフルエンザ感染後のマウス肺再生に対してどの経路が撹乱されるかを調べるためにPersubsを適用した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 京都府 ,  相互作用 ,  病気 ,  ターゲティング ,  予測 ,  遺伝子 ,  *摂動 ,  RNA【核酸】 ,  *インフルエンザ ,  位相幾何学 ,  ネットワーク ,  データベース ,  アルゴリズム ,  バイオマーカー
準シソーラス用語： マイクロアレイ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 肺再生 ,  システム生物学 ,  ネットワークとグラフに関する計算

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (28件)：

• Barabási, A.L.; Gulbahce, N.; Loscalzo, J. Network medicine: A network-based approach to human disease. Nat. Rev. Genet. 2011, 12, 56-68.
• Wang, L.; Jia, P.; Wolfinger, R.D.; Chen, X.; Zhao, Z. Gene set analysis of genome-wide association studies: methodological issues and perspectives. Genomics 2011, 98, 1-8.
• Khatri, P.; Sirota, M.; Butte, A.J. Ten years of pathway analysis: Current approaches and outstanding challenges. PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002375.
• Jin, L.; Zuo, X.-Y.; Su, W.-Y.; Zhao, X.-L.; Yuan, M-Q.; Han, L.-Z.; Zhao, X.; Chen, Y.-D.; Rao, S.-Q. Pathway-based analysis tools for complex diseases: A review. Genom. Proteom. Bioinform. 2014, 12, 210-220.
• Wang, K.; Li, M.; Bucan, M. Pathway-based approaches for analysis of genomewide association studies. Am. J. Hum. Genet. 2007, 81, 1278-1283.

タイトルに関連する用語 (7件)： インフルエンザ ,  感染 ,  マウス ,  肺 ,  摂動 ,  サブ ,  経路