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J-GLOBAL ID：201902244752499061   整理番号：19A0886842

マルチエンジンMSスペクトル探索結果の蛋白質レベル統合戦略はより高い信頼性とシーケンス範囲を求める【JST・京大機械翻訳】

Protein-Level Integration Strategy of Multiengine MS Spectra Search Results for Higher Confidence and Sequence Coverage

著者 (5件)： Zhao Panpan (Key Laboratory of Functional Protein Research of Guangdong Higher Education Institutes, Institute of Life and Health Engineering, College of Life Science and Technology, Jinan University, China) ,  Zhong Jiayong (Key Laboratory of Functional Protein Research of Guangdong Higher Education Institutes, Institute of Life and Health Engineering, College of Life Science and Technology, Jinan University, China) ,  Liu Wanting (Key Laboratory of Functional Protein Research of Guangdong Higher Education Institutes, Institute of Life and Health Engineering, College of Life Science and Technology, Jinan University, China) ,  Zhao Jing (Key Laboratory of Functional Protein Research of Guangdong Higher Education Institutes, Institute of Life and Health Engineering, College of Life Science and Technology, Jinan University, China) ,  Zhang Gong (Key Laboratory of Functional Protein Research of Guangdong Higher Education Institutes, Institute of Life and Health Engineering, College of Life Science and Technology, Jinan University, China)
資料名： Journal of Proteome Research  (Journal of Proteome Research)
巻： 16  号： 12  ページ： 4446-4454  発行年： 2017年 
JST資料番号： A1632A  ISSN： 1535-3893  CODEN： JPROBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種々のモデルに基づく複数の検索エンジンを開発し,参照データベースに対するMS/MSスペクトルを探索し,同じデータセットに対して異なる結果を提供した。これらの結果を誤発見に対する最小の妥協と効率的に統合する方法は,独立で信頼性があり,高感度な標準の欠如による未解決の問題である。種々の検索エンジンからの蛋白質同定の統合戦略を評価するための標準として翻訳mRNA配列決定(RNC-seq)の利点を取った。著者らは,7つの主流検索エンジン(Andromeda,Mascot,OMSSA,X!タンデム,pFind,検査,およびproverb)を用いて,ヒト細胞系Hep3B,MHCCLM3,およびMHCC97Hの同じ無標識MSデータセットを,Chromosomes1,8,および20のための中国のC-HPPコンソーシアムから検索した。予想されるように,7つのエンジンの結合は,ブーストされた偽同定をもたらしたが,7つのエンジンの交差は,同定力を著しく減少させた。7つのエンジンの少なくとも2つの同定は,RNC-Seqに基づくSTR指数によりモニターされるように,疑わしい/翻訳支援同定(STR)の比率を最小化しながら,蛋白質同定力を最大化する結果となることを見出した。さらに,この戦略は蛋白質アミノ酸配列のペプチド被覆率を有意に改善した。要約すると,複数の探索エンジンを統合した蛋白質レベルによるショットガン質量分析の性能を著しく改善する簡単な戦略を示し,追加の実験研究なしで現在のMSスペクトルの利用を最大化した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 質量分析 ,  ペプチド ,  *信頼性 ,  高感度 ,  データベース ,  検索エンジン ,  *質量スペクトル ,  アミノ酸配列 ,  直列接続 ,  ヒト ,  mRNA ,  アルゴリズム ,  *タンパク質
準シソーラス用語： コンソーシアム ,  無標識 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (12件)： 質量分析 ,  蛋白質同定アルゴリズム ,  mRNA配列の翻訳 ,  RNC-seq ,  ペプチド被覆率 ,  翻訳支援同定 ,  疑わしい識別 ,  偽発見 ,  蛋白質レベル ,  C-HPP ,  統合戦略 ,  STR

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： マルチ ,  MSスペクトル ,  探索結果 ,  蛋白質レベル ,  統合 ,  戦略 ,  高い信頼性 ,  シーケンス