拘束動力学を用いた非平衡化学シミュレーションによるホスト-ゲスト系の結合自由エネルギー  例証計算と数値検証【JST・京大機械翻訳】

Giovannelli Edoardo; Cioni Matteo; Procacci Piero; Cardini Gianni; Pagliai Marco; Volkov Victor; Chelli Riccardo

文献

J-GLOBAL ID：201902246829663548 整理番号：19A0659994

拘束動力学を用いた非平衡化学シミュレーションによるホスト-ゲスト系の結合自由エネルギー例証計算と数値検証【JST・京大機械翻訳】

Binding Free Energies of Host-Guest Systems by Nonequilibrium Alchemical Simulations with Constrained Dynamics: Illustrative Calculations and Numerical Validation

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巻： 13 号： 12 ページ： 5887-5899 発行年： 2017年
JST資料番号： W2328A ISSN： 1549-9618 CODEN： JCTCCE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

本論文では,一般的なホスト-ゲスト系の絶対結合自由エネルギーを計算するために,非平衡分子動力学シミュレーションに基づく化学的アプローチを示した。2つの代替計算ルート(結合ドメインと単一ポイントの化学経路スキームと呼ぶ)を提案した。本研究は,上記の化学スキームの数値的検証と実例を提供するために取り組んだ。Zn-(II)陰イオン錯体の二つの姿勢に対する結合自由エネルギーデータを代替法から回収されたそれらと比較することにより検証を行った。これは,分子動力学シミュレーションに基づいている。Zn-(II)アニオン錯体に関する計算だけでなく,β-シクロデキストリンと芳香族化合物(ベンゼン及びナフタレン)との1:1錯体の絶対結合自由エネルギーを推定することにおいて,両化学スキームを適用することにおいて重要な技術的及び理論的側面を説明した。実験データおよび以前の分子動力学シミュレーション研究との比較により,本非平衡化学的方法論の妥当性をさらに確認した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理 , 計算機シミュレーション , 分子構造 , 分子の電子構造 , 分子の立体配置・配座

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拘束動力学を用いた非平衡化学シミュレーションによるホスト-ゲスト系の結合自由エネルギー 例証計算と数値検証【JST・京大機械翻訳】

拘束動力学を用いた非平衡化学シミュレーションによるホスト-ゲスト系の結合自由エネルギー例証計算と数値検証【JST・京大機械翻訳】