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J-GLOBAL ID：201902247440977382   整理番号：19A0494523

染色体特異的ライブラリーの次世代シークエンシングは古四倍体スターレット(Acipenser rutus)におけるゲノム進化に光を当てる【JST・京大機械翻訳】

Next Generation Sequencing of Chromosome-Specific Libraries Sheds Light on Genome Evolution in Paleotetraploid Sterlet (Acipenser ruthenus)

著者 (13件)： Andreyushkova Daria A. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Makunin Alexey I. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Beklemisheva Violetta R. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Romanenko Svetlana A. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Romanenko Svetlana A. (Synthetic Biological Unit, Novosibirsk State University, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Druzhkova Anna S. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Druzhkova Anna S. (Synthetic Biological Unit, Novosibirsk State University, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Biltueva Larisa S. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Serdyukova Natalya A. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Graphodatsky Alexander S. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Graphodatsky Alexander S. (Synthetic Biological Unit, Novosibirsk State University, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Trifonov Vladimir A. (Institute of Molecular and Cellular Biology Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences, 630090 Novosibirsk, Russia) ,  Trifonov Vladimir A. (Synthetic Biological Unit, Novosibirsk State University, 630090 Novosibirsk, Russia)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 8  号： 11  ページ： 318  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： いくつかの全ゲノム重複(WGD)イベントとそれに続く再分化が脊椎動物の進化史において起こった。Acipenseridsは,それらの代表者が種間の倍数性レベル変化をもたらす異なる系統において付加的なWGD事象を受けたので,WGDの結果の調査のための便利なモデル群を表し,これらの過程はまだ進行中である。以前に,著者らは,マイクロ解剖によって一組のステレット(Acipenserルテニウム)染色体特異的ライブラリーを得て,それらがゲノム重複の後の再構成状態と染色体再編成に依存して,付加的染色体領域だけでなく2つまたは4対の全体の染色体領域を有することを明らかにした。本研究において,著者らは次世代配列決定を用いて,ステレットの異なるパラロガス染色体から誘導されたライブラリーの含有量を推定した。この目的のために,著者らは,得られた読み取りを,分岐した360Myaを持つこれらの2つの種の間のsynニー領域を明らかにするために,得られた読み取り物をスポットした(Lepisosteus眼)参照ゲノムに整列させた。また,このアプローチは様々な進化距離におけるsynニー予測に有効であり,倍数体ゲノムにおけるパラロガス染色体を明確に区別することを可能にすることを示した。著者らは,acipenserid特異的WGDの後に,核型が複数の染色体間再編成を受けたが,異なる染色体がこの過程に不均一に関与していると仮定した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： モデル ,  再構成 ,  脊椎動物 ,  *染色体 ,  倍数体 ,  再編成 ,  *四倍体 ,  遺伝子重複 ,  *ゲノム ,  予測 ,  核型
準シソーラス用語： *配列解析 ,  Lepisosteus ,  再分化 ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： チョウザメ ,  斑点のあるガー ,  パラログ染色体 ,  全ゲノム重複 ,  シンテニー ,  蛍光in situハイブリダイゼーション ,  ハイスループットシークエンシング

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (39件)：

• Comai, L. The advantages and disadvantages of being polyploid. Nat. Rev. Genet. 2005, 6, 836-846.
• Ohno, S. Evolution by Gene Duplication; Springer-Verlag: Berlin, Germany, 1970; ISBN 978-3-642-86659-3.
• Van de Peer, Y.; Maere, S.; Meyer, A. The evolutionary significance of ancient genome duplications. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 725-732.
• Vandepoele, K.; De Vos, W.; Taylor, J.S.; Meyer, A.; Van de Peer, Y. Major events in the genome evolution of vertebrates: Paranome age and size differ considerably between ray-finned fishes and land vertebrates. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 1638-1643.
• Murat, F.; Van de Peer, Y.; Salse, J. Decoding plant and animal genome plasticity from differential paleo-evolutionary patterns and processes. Genome Biol. Evol. 2012, 4, 917-928.

タイトルに関連する用語 (6件)： 染色体 ,  ライブラリー ,  次世代シークエンシング ,  四倍体 ,  Acipenser ,  ゲノム進化