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J-GLOBAL ID：201902248651814013   整理番号：19A1759667

OpenMPによる三角形分子表面の計算の加速【JST・京大機械翻訳】

Accelerating the computation of triangulated molecular surfaces with OpenMP

著者 (1件)： Daberdaku Sebastian (Department of Information Engineering, University of Padova, Padova, PD, Italy)
資料名： Journal of Supercomputing  (Journal of Supercomputing)
巻： 75  号： 7  ページ： 3426-3470  発行年： 2019年 
JST資料番号： T0418A  ISSN： 0920-8542  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正確でタイムリーな方法で分子表面のメッシュ表現を計算する能力は,陰的溶媒モデリングのような応用にとって非常に重要である。大きな生体分子に対する高分解能メッシュ表面の効率的な計算は依然として困難な課題である。本論文は,高分解能での高分子の溶媒排除表面の三角形メッシュ表現の計算のための高速,OpenMPベースの並列アルゴリズムを提示した。溶媒排除表面計算は,階層的待ち行列を持つ近似ユークリッド距離変換アルゴリズムの領域成長実現に基づいている。この方法は,最初に,並列に各原子に対する全体の外部表面への寄与を計算することにより,分子表面のボクセル化表現を構築する。次に,三角形メッシュ表現を,OpenMP加速マーチングキューブ実装によりボクセル化したものから得た。提案したアルゴリズムを実験的に検証し,大きな高分子のデータセットに関するいくつかの最先端の分子表面計算ツールを凌駕することを示した。Copyright 2019 Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 近似法 ,  高分子 ,  モデリング ,  アルゴリズム ,  高速度 ,  待ち行列 ,  高分解能 ,  ボクセル ,  *分子表面 ,  並列アルゴリズム
準シソーラス用語： マーチングキューブ ,  領域成長法 ,  Euclid距離 ,  三角形メッシュ ,  生体分子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 分子表面 ,  溶媒排除表面 ,  Euclid距離変換 ,  マーチングキューブ ,  OpenMP

分類 (1件)： ディジタル計算機方式一般  (JC02010O)

タイトルに関連する用語 (5件)： OpenMP ,  三角形 ,  分子表面 ,  計算 ,  加速