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J-GLOBAL ID：201902248854953015   整理番号：19A0659963

一般的でロバストなコードにおけるMD-PMMアプローチの柔軟で包括的な実装【JST・京大機械翻訳】

Flexible and Comprehensive Implementation of MD-PMM Approach in a General and Robust Code

著者 (8件)： Carrillo-Parramon Oliver (Scuola Normale Superiore di Pisa, Italy) ,  Del Galdo Sara (Scuola Normale Superiore di Pisa, Italy) ,  Aschi Massimiliano (Dipartimento di Scienze Fisiche e Chimiche, Universita di L’Aquila, Italy) ,  Mancini Giordano (Scuola Normale Superiore di Pisa, Italy) ,  Mancini Giordano (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN) sezione di Pisa, Italy) ,  Amadei Andrea (Dipartimento di Scienze e Tecnologie Chimiche, Universita di Roma ’Tor Vergata’, Italy) ,  Barone Vincenzo (Scuola Normale Superiore di Pisa, Italy) ,  Barone Vincenzo (Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN) sezione di Pisa, Italy)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 13  号： 11  ページ： 5506-5514  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学(MD)軌跡(MD-PMM)と組み合わせて使用するための摂動行列法(PMM)アプローチを,いくつかの観点で改良し,凝縮相の複雑な系における量子化学観測量を推定するためのユーザフレンドリーで柔軟なツールを可能にするためのプログラムのGauss組に実装した。特に注目されているのは,強力な本質的な動力学およびクラスタ化アプローチと共に,剛体および柔軟な量子中心を記述することにある。デフォルト実装は完全にブラックボックスであり,MDとPMMセクションの両方に関する外部動作を必要としない。同時に,異なるパラメータの微調整と外部データの使用を手順のすべての段階で可能にした。2つの特定システム(チロシンとウリジン)を,実装を検証し,性能をチェックし,いくつかの新しい特徴を説明するために,新しいバージョンのコードを用いて再検討した。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ロバスト性 ,  摂動 ,  マトリックス法 ,  ブラックボックス ,  量子化学 ,  クラスタ化 ,  軌跡 ,  分子動力学 ,  剛体 ,  ピリミジンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド ,  アミノ酸 ,  フェノール類 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 微調整 ,  ユーザフレンドリ性 ,  凝縮相 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  分子の電子構造  (BH05010Q)

物質索引 (2件)： ウリジン ,  チロシン

タイトルに関連する用語 (3件)： ロバスト ,  Md ,  実装