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J-GLOBAL ID：201902250429761265   整理番号：19A2290435

比較ゲノム及び系統ゲノム解析はBacillus cereus及びBacillus thuringiensisの間及び間の関係を明らかにする:2つのBacillus thuringiensis遺伝子型の認識の提案【JST・京大機械翻訳】

Comparative Genomic and Phylogenomic Analyses Clarify Relationships Within and Between Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis: Proposal for the Recognition of Two Bacillus thuringiensis Genomovars

著者 (6件)： Baek Inwoo (School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Baek Inwoo (Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Lee Kihyun (Department of Systems Biotechnology, Chung-Ang University, Anseong, South Korea) ,  Goodfellow Michael (School of Natural and Environmental Sciences, Newcastle University, Newcastle upon Tyne, United Kingdom) ,  Chun Jongsik (School of Biological Sciences, Seoul National University, Seoul, South Korea) ,  Chun Jongsik (Institute of Molecular Biology and Genetics, Seoul National University, Seoul, South Korea)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 1978  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究は,Bacillus cereus sensu lato,すなわちB.cereus sensu strictoとBacillus thuringiensisに分類される2つの種の分類学的状態を明らかにするために設計された。この目的のために,これらの分類群に割り当てられた株のほぼ900の全ゲノム配列は,比較ゲノムおよび系統ゲノム解析の主題であった。コア遺伝子配列に基づく系統樹は,B.cereusとB.thuringiensisのタイプ株が,B.cereus sensu latoと分類された残りの妥当な公表種から構成された対応クレードから明確に分離された良く支持された単系統クレードを形成したことを示した。しかし,2つのタイプのBacillusの間の平均ヌクレオチド同一性とデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション類似性は,密接に関連する種間を区別するために使用された閾値よりわずかに高かったので,B.cereusとB.thuringiensisは検証された種として認識されなければならないと結論した。B.thuringiensis株は2つのゲノム的に異なるグループに帰属され,これらの分類群は遺伝子型として認識されることを提案した。すなわち,B.thuringiensis gv.thuringiensisおよびB.thuringiensis g.cytolyticusとして認識される。広範な比較ゲノムデータは,B.thuringiensisと同定された株がB.cereus-B.thuringiensisクレード内のいくつかの多系統性グループ/サブクレードに割り当てられたので,農薬遺伝子の分布は不規則であることを明確に示した。従って,ゲノムまたは等価な分子系統的特徴は,殺虫遺伝子の存在がこの種の診断マーカーとして使用できないので,B.thuringiensis株を同定するために使用されるべきであることを推奨する。比較分類学的研究は,B.thuringiensis遺伝子型とそれらとB.cereusの間を区別するために用いることができる表現型特性を見出すために必要である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *桿菌属 ,  *セレウス菌 ,  DNA【核酸】 ,  *Bacillus thuringiensis ,  分子ハイブリダイゼーション ,  *ゲノム ,  *遺伝子 ,  ヌクレオチド ,  表現型 ,  *遺伝子型
準シソーラス用語： クレード ,  ゲノム配列 ,  分類群 ,  *ゲノミクス ,  *比較ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： セレウス菌 ,  Bacillus thuringiensis ,  BT毒素 ,  Cry毒素 ,  系統ゲノム解析

分類 (2件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (88件)：

• Apweiler R., Bairoch A., Wu C. H., Barker W. C., Boeckmann B., Ferro S., et al (2004). UniProt: the universal protein knowledgebase. Nucleic Acids Res. 32 D115-D119.
• Arahal D. R. (2014). “"Whole-genome analyses: average nucleotide identity,"” in Methods in Microbiology, eds. Goodfellow M., Sutcliffe I. C., Chun J. (Amsterdam: Elsevier), 103-122.
• Ash C., Farrow J. A., Dorsch M., Stackebrandt E., Collins M. D. (1991). Comparative analysis of Bacillus anthracis, Bacillus cereus, and related species on the basis of reverse transcriptase sequencing of 16S rRNA. Int. J. Syst. Bacteriol. 41 343-346. doi: 10.1099/00207713-41-3-343
• Auch A. F., Von Jan M., Klenk H. P., Goker M. (2010). Digital DNA-DNA hybridization for microbial species delineation by means of genome-to-genome sequence comparison. Stand Genomic Sci. 2 117-134. doi: 10.4056/sigs.531120
• Berliner E. (1915). Über die schlaffsucht der mehlmottenraupe (Ephestia kühniella Zell) und ihren erreger Bacillus thuringiensis n. sp. Zeitschrift fur angewandte Entomologie Berlin 2 29-56. doi: 10.1111/j.1439-0418.1915.tb00334.x

タイトルに関連する用語 (6件)： 比較ゲノム ,  系統 ,  ゲノム解析 ,  Bacillus ,  遺伝子型 ,  提案